深圳市寶安區土地整備中心成立于2012年6月，是寶安區政府直屬事業單位，由原寶安區城市軌道交通工作領導小組辦公室、寶安區土地儲備開發中心、寶安區土地房產事務中心整合組建而成，并加掛“深圳市寶安區城市軌道交通工作領導小組辦公室”牌子。中心內設綜合部、財務部、政策法規部、計劃合同部、征收業務部、軌道建設部、工程管理部等7個部門，主要職能包括：(1)負責全區土地整備和政府投資項目補償工作。(2)負責全區土地整備涉及的填海工程實施工作，土地平整及“七通一平”等事項的申報及工程實施工作。(3)負責全區政府投資地質災害治理勘察、設計等前期工作。(4)協助做好全區范圍內軌道交通線位規劃研究工作，協調處理軌道建設過程中引發的問題。(5)組織土地整備有關培訓工作。(6)承擔區政府交辦的其他事項。