2015年10月18日，廣東省人民政府與清華大學簽署共建清華珠三角研究院協議，標志著研究院正式成立。研究院是省校共建的事業單位，按企業化方式運行管理，實行理事會領導下的院長負責制。研究院恪守清華“自強不息，厚德載物”的校訓，深度參與國家創新驅動發展戰略的實施，推動廣東產業結構轉型升級、戰略新興產業培育發展，助力清華世界大學建設。立足廣州、輻射珠三角，大力開展技術創新，培養聚集人才，發展高新技術產業。研究院以體制機制創新為核心，打造科技研發、企業孵化、創業投資、人才培養、創新園區、國際合作六大功能板塊，建設“產學研深度融合的科技創新孵化體系”。五年時間內，努力達到累計引進創新創業人才1000人以上，建設研發平臺10個以上，孵化企業300家以上，五年時間企業累計產值達到100億以上。研究院致力于建設成為國家新型科研機構的引領者,形成產學研資深度融合的國際化創新孵化集群,打造創新創業人才，匯聚的高地,戰略新興產業和未來產業聚集的基地。研究院始終堅持“四個定位”和“四個結合”原則，即堅持應用技術研發、堅持科技成果轉化、堅持高新企業孵化、堅持創新創業投資；做到學校與地方相結合、做到研發與孵化相結合、做到科技與金融相結合、做到國內與海外相結合。