北大附中深圳南山分校創辦于2000年，是北京大學附屬中學與深圳市南山區教育局為滿足社會對優質教育的需求而合作興辦的高標準、高起點、高品質國有民辦學校。學校坐落在深圳特區內，所處南山區為深圳市文化中心、科技中心、旅游中心和物流中心，是廣東省首個教育強區，全國課程改革首批實驗區。學校傳承北京大學“兼容并包”的人文精神，融合北大附中“寬松和諧”的管理思想，十分重視教師的專業發展，為每一位有志于特區創業的教師搭建了綠色平臺，是每一位教師實現教育理想和生命價值的精神家園。
學校已晉升為廣東省一級學校，現有69個教學班2380名學生。