國家蛋白質科學中心?北京（簡稱“鳳凰中心”），坐落在國家科技創新示范區——中關村生命科學園的主入口，毗鄰北京生命科學研究所、北京蛋白質組研究中心、生物芯片國家工程研究中心、蛋白質藥物國家工程研究中心、北京大學國際醫院等多家高水平的科研機構和產業化基地。中心大樓面積近4萬平米，已于2015年9月開始試運行。
鳳凰中心依托國家蛋白質科學重大科技基礎設施北京基地和蛋白質組學國家重點實驗室組建而成，擁有高通量、高精度的蛋白質組研究平臺，蛋白質功能分析平臺、生物信息學平臺、轉化醫學平臺以及實驗動物中心、生物樣本庫等系列配套設施，形成系統完善的蛋白質研究體系，主要開展蛋白質組學、代謝組學、蛋白質功能、生物信息學和轉化醫學等創新研究。
鳳凰中心將逐步發展成為我國蛋白質科學技術的重要創新基地、蛋白質研究領域人才的聚集和培養平臺，以及國家蛋白質組大數據中心，將為中國乃至國際蛋白質科學研究提供前所未有的機遇和挑戰，為從事蛋白質科學領域工作的同仁提供有競爭力的平臺，為科研院所、高校、醫院和企業等提供廣泛的高質量技術支撐和科研服務。