建設創新型國家是我國國家戰略的核心。北京大學基礎性、綜合性、交叉性、國際性的學科體系及長期以來形成的強大優勢，鑄就了超群的知識創新能力，產生了大批原創性科技成果，具有引領國家自主創新的獨特優勢。加強產學研合作，把北京大學科教優勢轉化為現實生產力，服務國家建設，是北大工學院的重要戰略任務。為此，北大工學院成立“北京大學工學院工程技術研究院”，以“產學研用”緊密結合為宗旨，以北京大學強大的基礎研究實力和綜合優勢為支撐，以一體化和有機集成為發展戰略，致力于產業共性技術、關鍵性技術和前瞻性技術研發，推動成果轉化，實現知識創新、技術創新、產品創新與產業創新的協同創新。
北京大學工學院工程技術研究院的使命是致力于工程科學知識發現和應用，研究先進技術，培育新興產業，為創建世界工學院及經濟社會發展做出應有貢獻。
北京大學工學院工程技術研究院的任務主要包括高新技術研究、學院下屬各單位產學研課題管理、學院與地方政府和企業共建研究機構的管理。
目前，研究院在北京、南京、包頭、杭州、紹興、廈門等地設立了科研和成果轉化基地，初步建成了9個先進工程技術研究所，并將逐步新建10多個研究所，致力于發展為具創新力的應用技術研究機構。