北京大學醫學部在職教育培訓中心成立于2002年，系直屬于北京大學醫學部的二級教學單位。是經北京大學及北京市海淀區教育委員會批準注冊的、專事在職人員非學歷教育、繼續教育的教學機構。

培訓中心恪守“厚德 、博學、 濟世、 尚善”的培訓理念，遵守國家法律法規，弘揚北大教育精神，以成人教育和繼續教育為途徑，面向國內醫藥衛生行業高層管理人員及執業人員，以醫藥行業及衛生事業管理的新理念、新思想、新知識、新技術為主要培訓內容，使學員及時了解和掌握本領域中國內外的現狀及新信息，不斷促進其知識和能力的更新、補充、拓展和提高，完善其知識結構，不斷充實和提高學員的管理素質與執業能力。

北京大學醫學部在職教育培訓中心同國家各級教育和衛生行政管理機構的相關部門，具有多年的密切合作，經過多年的運作已形成跨省市的教育培訓網絡。依托北京大學雄厚的師資力量和教學研究機構的強大基礎，及醫學部近百年專事醫療衛生教育的豐富教學經驗，在課程設置、師資力量、科研能力、教學組織、資源整合和項目合作等方面，已形成強大的資源優勢。

目前北京大學醫學部在職教育培訓中心主要開展醫療衛生行業從業人員的繼續教育和專業技能培訓；醫療衛生行業管理人員及醫藥企業管理人員的 EMBA培訓；醫藥衛生行業管理人員高級研討會、論壇、高級峰會的組織；醫藥衛生行業管理人員的出國考察和學術交流的組織；醫藥衛生行業管理人員的俱樂部和沙龍的組織。在促進衛生行業高級管理人員掌握知識理論的同時，也搭建了衛生部門及其相關部門各層次管理者之間溝通、交流的平臺。