二十一世紀國旅全稱為“北京二十一世紀國際旅行社有限公司”，于2006年10月經中國國際青年交流中心主任辦公會批準籌備，并由中日青年交流中心作為投資人注資人民幣350萬元設立，是中日青年交流中心的全資子公司。2007年6月1日旅行社經北京市旅游局批準，于7月20日在朝陽區工商行政管理局登記注冊，正式成立。