思清源與清華大學、中國科學院、日本東京工業大學等相關院校建立穩定的戰略合作關系，技術力量雄厚。在運用新型生物技術進行污水治理、生物酶研究、工業微生物育種方面有獨到的研究成果。目前已獲得多項關于載體、污水處理設備、新型藥劑及微生物育種裝置等方面的科研成果，擁有多項專利技術。聯合清華大學合作開發的“好氧-厭氧耦合污泥減量廢水處理技術”已通過教育部科技成果鑒定，鑒定結果為：具有自主知識產權、污泥減量化效果達到國際先進水平。通過對技術和專利的集成創新，公司開發出“SSLE型生活污水處理設備”，填補了國內小規模（0.5-50噸/天）污水處理設備領域的市場空白，既滿足污水的就地處理，還達到小型、低能耗、原位污泥減量化的目標。具有巨大的市場潛力，該項目還獲得了2009年度中小企業創新基金的專項支持，并推薦到國家項目。