北京市水產科學研究所成立于1958年，2004年經國家科技部批準建立了“國家淡水漁業工程技術研究中心”，隸屬于北京市農林科學院，為公益一類科研事業單位。水產所本部位于豐臺區角門路18號，另有小湯山良種開發中心、延慶玉渡山冷水魚基地、房山十渡魚類繁育基地、良鄉生物漁藥研發中心、河北灤平水產試驗基地共五個試驗基地，占地總面積21公頃。
水產所技術力量雄厚，擁有100余人的科研技術隊伍，中高級以上技術人員占76%。建所以來，共完成國家863、省部級重點科技攻關、推廣等項目200余項，取得了100多項科技成果，其中60余項科研成果獲得了國家、農業部和市政府的獎勵。為解決首都“吃魚難”的問題做出了重要貢獻，為保障北京水產食品安全發揮了重要作用，對本市乃至全國漁業行業科技進步及漁業質量和效益的提高起到了重要推動作用。