交通運輸部水運科學研究院作為部直屬一級科研事業單位，在交通運輸部直接領導下，已走過半個世紀的歷程，經過幾代人的努力拼搏，已從初期幾十人的研究所發展成為擁有近五百名員工，集水運高新技術研究、行業發展咨詢、工程設計承包、新技術產品開發和技術管理培訓為一體的綜合性研發機構，為行業發展的重大決策和重大建設提供了強有力的智力支撐和技術支撐。
半個多世紀的奮斗歷程，我院建立了有利于可持續發展的運行機制，造就了一支可支撐行業發展的人才隊伍，擁有了支持產品研發、成果轉化的科研試驗條件，基本確立了行業科技主力軍的地位 。我院在行業發展戰略、規劃和管理研究；水運安全研究與評估；港口集裝箱與散貨裝卸工藝、散貨碼頭自動控制和管控一體化等技術領域一直處于國內地位；環保研究與評估、水運信息系統設計與開發、港口裝備研發與咨詢等技術領域一直處于優勢地位；在近年發展起來的水運節能與航運法律等研究領域也已呈現出具有強勁發展潛力的新優勢 。