北京同仁堂創建于1669年（清康熙八年），自1723年開始供奉御藥，歷經八代皇帝188年。在300多年的風雨歷程中，歷代同仁堂人始終恪守炮制雖繁必不敢省人工，品位雖貴必不敢減物力的古訓，樹立修合無人見，存心有天知的自律意識。造就了制藥過程中謹慎小心，精益求精的嚴細精神，其產品以配方獨特，選料上乘，工藝精湛，療效顯著而享譽海內外。
同仁堂作為中國著名商標，品牌優勢得天獨厚。參加了馬德里協約國和巴黎公約國的注冊，受到國際組織的保護。在世界50多個國家和地區辦理了注冊登記手續。
1992年經北京市政府批準，中國北京同仁堂集團公司組建成立。1997年獨家發起設立北京同仁堂股份有限公司。2000年，北京同仁堂股份有限公司分拆出1億元科技含量較高的績優資產，組建北京同仁堂科技發展股份有限公司，成為全國首批用同一國有資產進行兩次融資的企業，并在香港上市被業內稱為同仁堂模式。同仁堂科技發展股份有限公司的股票一直是香港創業板表現好的股票之一。
九五以來同仁堂一直保持著年均20%左右的曾長速度。2004年同仁堂資產達63億元。銷售額50億元，實現利潤3.4億元。目前同仁堂銷售終端網絡遍及海內外。2004年投資6億元在北京亦莊開發區建立股份公司和科技公司生產基地及物流陪送中心。
在全國中藥住產地，同仁堂擁有按國家GAP標準合資建設的綠色中藥材種植基地，總投資5800萬元。同仁堂將在主要產品實現原料基地化供應的基礎上，進而形成藥材的生產商和市場的供應商。
2001年與國務院發展研究中心合作，制定同仁堂未來10年發展規劃，本著運行，各有側重，資源共享，整體發展的原則，與之配套的1032工程也已取得實質性進展。10是指含兩個上市公司再內的10大公司；32是指兩個院（同仁堂研究院和同仁堂中醫院），2個基地（在亦莊的股份公司基地和科技公司基地）。2個中心（同仁堂培訓中心和信息中心）。目前，同仁堂基本形成了制藥工業，零售商業，醫療服務三個板塊的產業布局。面對世界一體化的新形勢，同仁堂的發展戰略定位是：以現代中藥為核心，發展生命健康產業，成為國際馳名的中藥集團。
北京同仁堂股份有限公司，為了落實集團公司：機制創新，發展創新和文化創新的要求，同時也是為了更好的適應當前的市場環境，于今年5月份建立了新的營銷公司，現新的營銷公司（同仁堂股份有限公司營銷分公司）向社會廣納賢才。