通州區第二中學為北京市首批完全中學。前身為建于1904年的通州女童蒙館，由美國基督教會公理會海外布道會傳教士富善慕柯在學道院基礎上改辦。1905年該校名為富育女子學校。著名校友有李德全、楊崇德。1927年學校改稱私立富育女子中學。1951年7月為河北省任命政府接管，改名為河北省立通縣女子初級中學。1959年起兼收男生。1960年改稱北京通縣第二中學。1974年增設高中部。

學校校園占地3.13公頃。建筑面積11946平方米，主要有建于1929年的硬山調大脊式教學樓、1985年建的教學樓和2001年建的3座西洋式小樓。圖書館藏書4萬余冊。電化教育設備齊全。

現有教學班初中42個，高中18個，學生總計3000人。教職工172人，其中專職教師110人。教師中有高級職稱的30人，碩士課程結業者12人，有大專以上學歷102人。1988年以來，學校先后舉辦了聲樂班、合唱團、管樂團、舞蹈隊、美術書法小組及各種球類、田徑隊。90年代以來，在多項美育類競賽中獲市級獎16項，向藝術院校輸送了57名學生。

自1990年，在高三年級設高考班和職業培訓班。職業培訓班學生通過高中會考和培訓考核，發給高中學歷和職業等級雙證書。先后開設文秘、商貿等9個專業，對口輸送了613名雙證書畢業生。1995年與北京市房地產職工大學合辦大專班，為首都古建筑業培養了117人。1992年，被北京市教育局命名為“全面育人，辦有特色”學校和北京市美育工作先進集體。1987年起參加國家教委重點教育科研項目“中小學生心理能力發展與培養”實驗。學校是聯合國教科文組織在北京進行“創業教育”的實驗校之一，教學學科承擔北京市科教所“初中數學建構模式教改實驗”。

1988年以來，學校先后舉辦了聲樂班、合唱團、管樂隊、舞蹈隊、美術書法小組及各種球類、田徑隊，在多項美育類競賽中獲獎。1992年被北京市教育局命名為“全面育人，辦有特色”學校和“北京市美育先進集體”、“電化教育先進校”。2003年通過北京市中學規范化建設驗收。多年來學校初中畢業生考入市、區重點高中的學生數量始終位于全區**。