北京醫生網由中國醫藥衛生事業發展基金會、市衛生局、市醫管局、市中醫局作為網站的發起單位，采取社會資本投資、政府購買服務的方式設立。同時成立北京醫生有限責任公司，注冊資金3000萬元，作為網站運營主體。投資人為投資北京國際有限公司、國信招標集團、北京國信創新科技有限公司、北京康仁堂藥業有限公司、北京弘瑞祥和文化傳播有限公司。
北京醫生網定位為服務北京市乃至全國的醫療信息資源共享平臺，是北京市深化醫改工作的一項創新舉措，是為適應醫療衛生事業發展新形勢以及滿足群眾就醫需求的新變化，計劃建設的醫療信息資源共享平臺，對解決群眾尋醫問藥難題、緩解醫療資源緊張、引導患者有序就醫、構建新型就醫服務模式等具有重要意義。
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