根據國務院《基金會管理辦法》《基金會章程》《中國教師發展基金會專項基金管理辦法》等有關法律法規,基金會與中教創新研究院共同設立了國家教師科研專項基金，旨在針對教育科研領域作出突出貢獻或取得成果的教學單位和教師進行表彰獎勵，對基層教師教育科研課題的立項、評審、指導、結題、鑒定、整合團隊優勢，創設“草根科研”理念，進行有效、有針對性的幫助支持和管理。
科研專項基金設立以來，全國已有2300多教學機構申報、立項了課題，有85%的學校已取得圓滿的成果并順利結題。幾年以來，受到本專項基金表彰獎勵的“全國科研教師”、“全國科研杰出校長”共有2000多人次。在全國具有很大影響。
“草根科研”就是針對一線教師、青年教師的科研。從立項到結題鑒定由始至終全程管理，“十一五”結題率92%，在全國處于地位。
中教創新研究院做為教育部中國教師發展基金會國家教師科研基金辦公室的科研管理和執行機構，開展相關工作。