市教育局設置11個職能科（室）：
（一）辦公室
綜合協調局機關重要政務、事務；
負責局機關干部職工勞動工資、生活福利等有關工作。
負責全局性會議的組織安排。
負責全局性綜合文字工作及重要文件起草和發文審校。
負責文秘、檔案、保密、信訪、提案建議的辦理、機關財務、資產管理等工作。
負責教育報刊的新聞宣傳及發行等工作。
負責機關車輛管理、后勤服務、計劃生育、治安保衛及社區管理等工作。
協調局直屬單位的安全保衛、計劃生育等工作。
負責機關離退休人員的管理服務工作。
（二）組織人事科
統籌規劃并指導學校教師和教育行政干部隊伍建設工作。
負責機關和局屬事業單位的人員編制、考核、獎懲、勞動工資福利等有關工作。
指導縣（市）區教育人事、分配制度改革。
負責教育系統教職工的錄用、調配工作。
按管理權限，管理機關和局直屬單位人事檔案。
組織實施教師資格證書制度和教師聘任工作。
會同有關部門承辦本系統教職工專業技術職務評聘工作，負責特級教師推薦評選工作。
負責中學教師系列高級專業技術職務的評審。
負責局屬單位的領導班子和黨組織建設，考察、推薦和調配局直屬單位的領導干部。
負責全市教育援藏、支教和公費出國（境）留學人員資格審核和呈報工作。
（三）老干科
負責局直屬單位離退休干部的管理工作。
（四）教育基金會
（五）基礎教育科
綜合管理全市的普通中小學教育、特殊教育和幼兒教育工作，參與制定全市基礎教育發展規劃；
組織實施“普九”和素質教育；
指導中小學教育教學改革并負責對學校教育教學質量進行評價；
指導和管理中小學、幼兒園、特殊教育的德育、體育、藝術、勞技、科技、法制、社會實踐、信息技術教育等工作；
審定中小學教材、教學配套用書；
指導直屬學校共青團和少年先鋒隊工作；
負責協調基礎教育科研工作、教育裝備等工作；
負責全市中小學校學籍管理和組織初中畢業會考、招生和中小學競賽等活動；
負責全市中小學生的英語、計算機、藝術考級等工作；
指導社會力量及廠礦企業舉辦的基礎教育各類學校及教育機構的業務工作；
負責省、市重點中學的呈報、考核、審批工作；
負責幼兒園等級評定工作；
檢查、督促、規范學校的辦學行為；
指導學校的校園文化建設；指導、協調全市少數民族教育工作。
（六）職業教育與成人教育科
綜合管理與協調全市的職業技術教育、成人教育工作，擬定職業技術教育、成人教育發展規劃與管理措施，并組織實施；
指導職業教育與成人教育教學改革和檢查、評估等工作；管理全市普通中專、職業中專、職業高中、成人學校（含成人高校）、電大和大中專函授站；
指導社會力量及廠礦企業舉辦的各類職業和成人教育機構的業務工作及職業證書的考試、發證工作；
負責國家、省、市重點職業和成人學校的呈報、考核及審批工作；
負責各類中等職業學校專業設置的評審工作及招生工作；
參與職業和成人教育學校、職工學校的設置、布局調整和教師隊伍建設工作；
負責協調職業和成人教育的科研與技術推廣、儀器配備、生產實習基地建設、畢業生就業指導等工作；
負責擬定全市農科教的規劃和實施辦法，并會同有關部門組織實施；
按有關規定承辦中等教育各類學校的設置、更名、撤銷與調理的審核、報批工作。
（七）高教師范科
規劃和指導中小學師資培訓工作，組織和實施教師上崗前培訓和教師的學歷培訓及繼續教育（含信息技術、基礎教育新課程、新大綱培訓、考試）等工作；
負責市級學科帶頭人和青年骨干教師的考核、認定和培養工作；
負責教育系統中小學校長、幼兒園園長和其他管理人員的業務培訓工作；
負責衡陽幼兒師范學校及衡陽廣播電視大學舉辦的師范類教育培訓的業務工作；
指導各級教師進修院校（教師培訓中心）工作；
聯系協調駐衡高校工作；
指導社會力量及廠礦企業舉辦的各類學校的教師隊伍培訓工作；
貫徹落實語言文字工作的方針、政策，負責全市語言文字和普通話培訓、測試工作。
（八）體育衛生教育科
擬定全市學校體育、衛生、健康、國防教育發展規劃并組織實施；
指導學校體育衛生教育教學工作和專業師資的有關培訓工作；
負責體育衛生教育的教研、教材建設以及學生健康狀況的建檔建制等工作；
組織全市性的學校體育競賽活動，指導學校體育人才的培養、選拔工作；
指導高中以上學校的學生軍訓工作及各類學校愛國衛生和綠化美化等工作。
（九）宣傳政策法規科
負責教育改革與發展戰略研究，并就重大問題進行政策調研。
承擔地方教育規范性文件的調研和起草。
組織、監督、指導全市教育行政執法。
負責局機關干部職工及直屬單位教職工的法制教育及局中心組學習等工作。
承辦市本級教育行政復議、行政訴訟應訴工作，指導全市教育行政復議、行政訴訟應訴工作。
負責教育宣傳及文明單位創建工作。
（十）計劃財務科
擬定全市教育事業發展的中長期規劃及年度計劃并組織實施；
負責中小學布局調整；
指導中小學危房改造和標準化校舍建設；
制定全市大中專學校、職業學校、中小學招生計劃并監督實施；
負責局直屬單位基建、維修計劃的制訂和資金安排及有關基建數據的統計等工作；
組織審核局直屬單位基建項目的預決算；
指導各級教育部門編制學校教育經費的年度預決算；
負責局本級教育經費年度預決算；
依法檢查監督教育經費的籌集、使用情況及教師工資發放情況；
協調有關部門組織實施政府采購；
統籌管理省、市撥付的教育經費和各種外資及國內捐贈款；
負責全市教育事業基本信息的統計、分析、發布和事業發展監測；
指導局直屬學校的后勤管理工作；
監督管理直屬學校和其他直屬單位的國有資產；
指導、協調全市教育產業和勤工儉學工作；
參與教育信息化建設；指導教育技術裝備工作。