安徽全椒中學的前身是明萬歷年間的“望陽書院”,清乾隆中期更名為“襄水書院”。1902年始創為現代意義的中學,是全省創辦早的中學之一。1958年定名為“安徽全椒中學”。1961年郭沫若為學校題寫校名。1999年被批準為安徽省示范性普通高級中學學校授予“西北工業大學生源地”“南京軍區國防生生源地”。同年,全椒中學初中部剝離并且被并入全椒縣第三中學。2009年,全椒中學留在原址的高中部(即被批準為安徽省示范高中的部分)正式劃歸全椒慈濟高級中學(全椒縣政府和慈濟基金會合作辦學,學校實行董事會管理,13名董事,全椒縣政府方面占6席)。全椒縣第三中學(只有初中)遷入全椒中學舊址,成為只有初中部分的全椒中學。