憑祥市的教育情況，明代以前無考。清同治末年（1874年）。成立文昌學(xué)會，為地方學(xué)士講學(xué)之所。光緒三年（1877年）.創(chuàng)辦屆遠(yuǎn)書院。三十二年，建憑祥土州小學(xué)堂1所。民國9年（1920年），全縣建有小學(xué)7所。民國32年。建立國民中學(xué)。民國38年，全縣有小學(xué)68所、初級中學(xué)1所，中小學(xué)教師126人，在校中小學(xué)生2687人。解放后，黨和政府重視教育事業(yè)。年度教育經(jīng)費(fèi)1957年6.45萬元，1985年161.34萬元，增長24倍。1985年，全市有小學(xué)199所、中學(xué)5所，中小學(xué)教師621人，在校中小學(xué)生14858人，比1949年分別增長1.93倍、4倍、3.93倍和4.53倍。還有師范、衛(wèi)生等中等專業(yè)學(xué)校各1所。1984年，南寧地區(qū)行政公署發(fā)給憑祥市“符合基本掃除少青壯年文盲單位標(biāo)準(zhǔn)”合格證書；1986年，廣西壯族自治區(qū)人民政府發(fā)給憑祥市“普及初等教育標(biāo)準(zhǔn)”合格證書。
解放后，1957年以前教學(xué)正常，質(zhì)量較好。1958年“大躍進(jìn)”期間，教師和中學(xué)生被抽去“大煉鋼鐵”，教學(xué)不正常。三年困難時(shí)期，教學(xué)受到影響。1966年下半年“文化大革命”開始以后，學(xué)校停課鬧“革命”，部分教師被批斗。1968年下半年起復(fù)課鬧“革命”，學(xué)校教育強(qiáng)調(diào)“思想革命化”，不重視基礎(chǔ)知識的教學(xué)，教材、教師的質(zhì)量不高，上課時(shí)間不足40%，取消考試，學(xué)生學(xué)習(xí)缺乏動力和壓力，教學(xué)質(zhì)量嚴(yán)重下降，小學(xué)畢業(yè)生中很多不會四則運(yùn)算，許多中學(xué)生畢業(yè)后連寫家信都覺得困難。1975年，憑祥市13至50歲人口中文盲占44.9%。1978年起，教育工作撥亂反正，教學(xué)漸趨正常。
1985年，憑祥市教育投資人均19.88元，每千人有教師7.65人，小學(xué)升初中率54.1%，初中升高中率42.6%，高中升大專（含中專）率8.93%。
2006年憑祥市普通高中招生483人，在校生1259人，畢業(yè)生273人，普通初中招生1810人，在校生5005人，畢業(yè)生1386人。普通小學(xué)招生1432人，在校生8192人，畢業(yè)生1899人，農(nóng)村義務(wù)教育階段公辦學(xué)校學(xué)生實(shí)現(xiàn)免費(fèi)上學(xué)。