學校前身為周屋學堂，清朝康有為曾到此講學。莞城解放為兩隅小學，幾經拼校，更名為運河小學。1986年政府投資，拆去原莞城二中校舍，搬遷至現址。2001年經政府投資，擴建到現今規模。
學校占地面積4205平方米，建筑面積5479平方米。現有教學班24個，學生1095人。教職工55人，中青年教師占絕大多數，教師隊伍結構配置合理，具有豐富的教學經驗。教師學歷達標率100%。
學校以“團結守紀文明好學。”為校風；“團結勤奮活潑向上。”為校訓；“團結進取善教愛生。”為教風。從課堂教學改革、師資隊伍建設、學生法制教育和心理健康教育，特色教育研究等方面入手，以科研為先導，進行多項市科研課題的研究。以二胡、田徑訓練為特色，全面推進素質教育。
學校在領導班子的帶領下，全體教師善教愛生，使全校形成良好的校風、教風、學風，教學質量逐年穩步提高，得到社會的認同。近幾年學校屢獲教育、衛生、安全、婦女等獎項。二胡演奏隊曾獲得東莞市第五屆少兒藝術花會金獎；第二屆中小學文藝展演東莞賽區選拔賽一等獎、廣東省第二屆中小學文藝展演一等獎、全國第二屆中小學文藝展演一等獎；并多次參加市、區的文藝演出獲得領導的贊同。學校在2006年和2007年連續兩年被莞城區政府授予“教育先進單位”；學校二胡隊參加廣東省第二屆中小學藝術展演，獲廣東省教育廳一等獎；參加全國第二屆中小學藝術展演，獲中國教育部一等獎。
學校將承前啟后，團結進取，開拓創新，在奮發有為的領導班子的帶領下，經過全校師生的共同努力，程現在你眼前的會是一個全新的運河小學，運河小學將會有一個更燦爛輝煌的明天!