東莞市知識產權保護協會是2005年12月由東莞市民間組織管理局和東莞市科技局(知識產權局)批準予以成立的地方社團組織，2006年經過依法進行籌備和選舉工作，正式成立并開展運作的專業性社團組織。
協會理事會設協會秘書處，負責協會日常運作。秘書處下設會務綜合管理部、專利信息檢索及預警室、專利資助工作組、公共關系部(宣傳特刊、網站管理)、會員法律援助中心等機構，主要負責宣傳相關法律、法規和政策；舉辦各種促進知識產權事業的相關活動；提供相關服務和編輯會刊。