學校位于阜南縣城焦陽北路，創建于1988年。學校占地30000平方米，有教學樓4幢，科技樓1幢，辦公樓1幢，學生宿舍樓1幢，教工宿舍4幢。由高規模的微機室兩個、多媒體教室，文印室、檔案室等。有占地10000平方米的操場一個。校內景點多處，園內繁華似景，綠草如茵。運動場地30畝，運動設施齊備。

阜南二中建校以來，就確立了“負重拼搏、深化改革、自我加壓、爭創”的指導思想，制定了“四個一”工作要求，即一個能者上庸者下的用人原則，一個提高教學質量的教學中心，一項雙向選擇的改革措施，一個爭創四個(的管理、的教師、的學生、的質量)的戰略目標，加強治安管理，強化育人手段，壯大育人隊伍，優化校風學風，從而提高了教學質量，加快了學校的發展。

該校由建校時的一個教學班36名學生的初級中學，發展為24個教學班230名學生的完全中學，在職教師146名。1992年以來，為大專院校和阜陽一中、阜南一中高中部輸送合格新生206名，為社會培養“四有”新人2316名，走出了一條獨具特色的辦學之路。

阜南二中創辦于1988年8月，1992年開始設立高中部，成為一所完全中學。

目前2004年5月，由于教育教學等方面成績突出，被批準為阜陽市示范中學。阜南二中是阜陽市市級示范高中，市級"語言文字規范化示范校"、市級"花園式學校"、省級"愛國主義教育示范學校"、國家級"讀書育人特色學校"。06年市級示范高中辦學水平督導評估驗收中被評為。