光緒三十三年（1907年），柯志仁勸募美國嫠婦柯琳·約翰遜女士（CaroleyJohnson）捐資，在本校現址建成**幢校舍（南洋樓），建筑面積973.6平方米。同年，學校更名為融美中學堂，寓玉融美以美會中學之意。

融美中學堂歷十三屆（1907-1923年）累計學生人數共1418人，平均每年在學約83人，多時（1910年）學生數曾達124人。牧師方鮑參，美國傳教士力亨利（HenryVeezeLacy）、馬爾庚（HughC.Moygan）等先后擔任堂長。著名宗教界人士、原協和大學校長楊昌棟，著名的元史、蒙古史學家翁獨健等，均在該時期就讀于本校。

二十世紀20年代中期，隨著中國革命形勢的發展，收回教育權運動在全國范圍展開。民國十四年（1925年），中國政府教育部公布《外人設立學校請求認可辦法》。民國十五年（1926年）大學院公布《私立學校規程》等，規定教會學校“校長須為中國人”，“外國人**為董事長或董事會主席”。正是在這個背景下，融美中學堂于民國十三年（1924年）更名為融美初級中學，深受師生愛戴的薛永香先生始得于民國十五年（1926年）出任校長，民國十八年（1929年）學校向福建省教育廳申報立案。

本校校名以“融美”為冠共歷45屆，幾近半個世紀，累計各年在學生人數共達7058人。它是本校歷史上的一個重要的發展階段，富有卓著的成就和優良的傳統。殖民者在這里播下了“跳蚤”，卻使中華民族收獲了“龍種”。

清光緒十七年（1891年）：美以美教會福州年議會決定在福清設學。

清光緒十八年（1892年）：春季，美以美教會在融城租用民房設立培元書院。創辦之初，學生16人，教工2人。籍貫為泉州惠安縣鼎模村的方鮑參牧師任院長。

清光緒十九年（1893年）：修意牧師任監學。

清光緒二十年（1894年）：余修意接任院長。蔣學書接任監學。

清光緒二十一年（1895年）：修意牧師在海口堂與傳教士李承恩商定后，報美以美教會福州年議會備案，在牛田（即龍田)借用教堂分設培元書院

清光緒二十二年（1896年）：消縣城書院，全部師生合并于龍田。院長魏香谷，監學何調友。

清光緒二十四年（1898年）：方鮑參接任院長。

清光緒二十五年（1899年）：方鮑參院長繼續兼任監學。

清光緒三十三年（1907年）：培元書院改名為融美中學堂。融美中學自茲確立于現址。

1949年：，中共福清縣委在云中洋召開縣委擴大會議決定成立南區區委會。6月10日，南區區委會貫徹縣委擴大會議精神，在龍高地區建立7個工委會。本校校友施傳福任龍田工委會主席。4月，部分學生參加攻打龍田張厝祠偽縣保安中隊救護工作，薛錫順同學受槍傷。9月，廢除解放前的訓導制度，國民黨黨義課、公民課、軍訓、童子軍訓練等均予取消。12月，林貞瑞、張端機參加閩侯專署干部學校學習，1950年3月學習結業回校。是年，圖書館清點圖書總數為1700冊。是年，教務主任方景曾，事務主任薛永香。

1997年：評為“福建省推行《國家體育鍛煉標準施行辦法》先進單位”。

2005年：召開八屆一次教代會，審議通過了《福清三中教師職務競聘評價實施辦法》等文件，選舉產生了新一屆工會委員會，陳紹輝任主席、陳云興為副主席。

10月27日，中共福清市委宣傳部以融委宣干[2005]36號通知，聘任余松為政教處主任，何城為政教處副主任，聘期三年；以融委宣干[2005]40號通知決定劉輝任團委副書記