鼓樓區總工會的前身是福州市總工會鼓樓區、大根區工會辦事處。1951年9月，福州市總工會在鼓樓區、大根區設立工會辦事處，實行按塊管理。1956年2月，兩區工會辦事處撤銷，工人會員按專業工會由福州市工會聯合會管理。1958年4月，福州市工會聯合會恢復福州市工會聯合會鼓樓區辦事處（鼓樓區、大根區已于1956年4月合并為鼓樓區）。1963年4月，鼓樓區工會辦事處再次被撤銷?！拔幕蟾锩背?，福州市總工會組織癱瘓，活動停止。1973年4月成立紅衛區工會（鼓樓區的改稱）。1978年4月，改為福州市總工會鼓樓辦事處。1979年2月，因區屬工業全部上調，鼓樓區工會辦事處撤銷。1983年6月，部份市屬工廠下放回鼓樓區管理，福州市總工會鼓樓區辦事處恢復。1985年2月，鼓樓區工會女職工委員會成立。繼之，在有25名女工以上的企業中成立女職工委員會。1993年，在非公企業建立基層工會組織。1997年9月根據上級工會的指示，成立福州市鼓樓區總工會。
鼓樓區工會在福州市總工會的領導下，從五十年代開始，組織職工學習、開展各種活動做了大量工作。“文化大革命”期間，工會組織一度處于癱瘓狀態。區工會經過幾次撤銷、恢復的過程，直到1983年再次恢復，區工會逐步恢復了正常工作。80年代以后，區工會認真履行“維護、建設、參與、教育”四項社會職能，努力推進黨的全心全意依靠工人階級指導方針的貫徹落實，加大政策參與力度，在企事業單位積極推行職工代表大會制度，切實保障職工的經濟利益和民主權利。1994年全國總工會十二屆一次執委會提出工會工作總體思路，在市總工會領導下，適時調整工作部局，進一步突出工會維護職能，以貫徹實施《勞動法》為契機，認真抓好非公有制企業工會組建，職工經濟技術創新活動，“春風行動”、送溫暖工程、平等協商、集體合同和職工代表大會制度等項工作。近年來區各級工會按照市總“五突破一加強”和“三個大限度”的要求，重視加強工會自身建設，堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，強化思想政治工作，牢固樹立“心系職工、服務基層、團結務實、爭先創優”的工會形象。1986年、1990年區工會、區女職工委員會兩次分別被評為省先進工會、省先進女職工委員會；1992年，區工會、區女職工委員會分別被省總工會、省女職工委員會評為先進集體；1994年，區女職工委員會被評為全國女職工委員會先進集體；1998年，區工會被評為省推行平等協商集體合同制度工作先進單位；1997至1999年區女職工委員會被評為省女職工工作先進集體；1999年，區工會被評為福州市廠務公開先進單位；2001年，“春風領導小組辦公室”被評中共福州市委、市政府授予福州市實施“春風行動”先進單位；2002年，區工會被評為省工會財務工作先進單位；2005年，區總工會被省總工會評為縣級工會工作機制創新獎；2006、2007年，區總工會被評為省工會信息工作先進單位。
鼓樓區總工會下轄九街一鎮10個工會聯合會、社區工會77個、公有企事業工會146個、機關工會21個、鄉鎮企業工會77個、三資企業工會138個、私營企業工會360個，已建工會單位職工42867人，發展工會會員40964人。區總工會機構設置：主席：林學娟，負責區總工會全面工作。副主席、經費審查委員會主任：鄭少樺，協助領導分管廠務公開、信息、保密、法律咨詢服務、勞動關系三方協商等工作；負責工會經費審查審計工作。機關內設：辦公室、組建部、維權部、女工部、財務部、經審辦。