2005年學校被福州市教育局授予“福州市素質教育先進學校”榮譽稱號；被福建省民辦教育協會、福建省中小學幼兒教師獎勵基金會授予“福建省民辦教育先進單位”榮譽稱號；榮獲“福州市民辦教育‘A級’學校”榮譽稱號。自2001年恢復辦學以來短短幾年，學校發展迅速，辦學規模逐年擴大，至2006－2007學年時全校已有23個教學班，近1300名在校生和90多名教職工；學校教育教學設施（如計算機房，多媒體教室，理、化、生實驗室，體育、音樂、美術等）配備齊全。幾年來，由于學校堅持福州一中嚴格而**的教育教學管理模式，并結合“民辦”自身具有的靈活機制等先天優勢，逐步完善學校教育教學管理制度和不斷更新教育理念，堅持以德育工作為核心，以教育科研為先導，以課堂教育教學為載體，以現代化信息技術為手段，以深化教育教學改革，以全面推進素質教育發展為辦學特色，辦學質量令人矚目，得到了社會的充分肯定，成為福州市的民辦中學之一。學校十分重視教師隊建設，目前已擁有一支力量雄厚且非常的師資隊伍（全校90余名教職工中，有特級教師4名、高級教師20名、一級教師16人，本科及本科以上學歷占總數的90%以上），教師中曾有多人、多次（含指導學生）在國際、國家、省、市級比賽中獲獎，如：楊衛民老師獲得第五屆全國直轄市/省會城市中學語文青年教師教學大賽中榮獲一等獎；張氣老師指導學生李競欣參加第20屆全國青少年科技創新大賽獲得二等獎；左名淼老師在第十五屆“希望杯”全國數學邀請賽中教學成績優異，被評為“數學教育園丁”……該校連續三屆中考成績卓著。
　　2004年（系該校復辦以來的屆畢業生）中考：218名學生，共有63人先期考上福州一中新校區（在全省范圍招生），居全省名。其余155名考生參加福州市中考，總平均分（除考上福州一中新校區63人外、**體育）達632.59，且仍有63人考上福州一中東街校區等一級達標學校，占考生總數的40.6％，名列福州市前茅。
　　2005屆中考：200多名學生，400分（高分段）以上考生共102人，被一級達標校錄取的考生共計136人（占62%），其中被福州一中錄取的考生達70多人。名列福州市前茅。
　　2006屆中考：207名學生，400分以上124人（高分率達59.9％），考上一級達標校的計有163人（占總數的78.7％），其中被福州一中錄取的更是高達82人之多，比率40%為福州市絕無僅有。
　　2007屆中考：309名學生，400分以上106人，已被一級達標校錄取的共有222人，其中被福州一中錄取的人數高達114人。
　　2008界中考：415名學生，400分以上317人，410分以上247人（全市2909人），415分以上195人（全市1966人），420分以上156人（全市1155人），430分以上32人（全市169人）。其中考入福州一中人數高達147人，被一級達標校錄取334人。陳正穎同學以444.5分奪得福州市高分（語數英三科原始分439.5，省運會乒乓球冠軍加5分）。各項數據都居福州市。2009年，江川同學以443.5分勇奪中考狀元，為07屆八班贏得榮譽。幾年來，學校還培養、組識學生積極參加國際、國家、省、市級各項重要學科競賽活動,如在香港、澳門、菲律賓、等地舉辦的數學邀請賽、全國性的信息學、數學、化學、物理、創新大賽等，共有近350多人次獲獎。此外,該校也非常重視學生各項素質的全面提升,在聲樂器樂、美術書法、體育運動等各項賽事中也多有佳績。發展提升實力，實力鑄造輝煌。伴隨教育春天的腳步，沐浴時代的春風，新時期的三牧人正以昂揚的意志，奮發有為的精神風貌，扎實工作，繼往開來，與時俱進，揚起理想之帆，創造更加美好的明天！附1：三牧收費標準：福州市物價局關于福州三牧中學收費標準等有關事項的通知（榕價費[2007]29號　2007年6月28日）市教育局：你局《關于福州華倫中學等十二所學校申請審核收費標準問題的報告》（榕教財[2007]16）悉。根據福建省物價局、教育廳、勞動和社會保障廳、財政廳關于印發《福建省民辦教育收費管理實施細則》的通知（閩價[2006]費154號）及《關于民辦學校收費標準有關問題的補充通知》（閩價費[2006]288號）精神，經價格認證部門調查測算，核定福州三牧中學2007年秋季招收的新生學費標準為：初中7000元/年生，代辦費必須遵循“學生自愿、事先公示、多退少補、**營利”的原則執行。福州三牧中學應及時到物價部門辦理《收費許可證》，亮證收費，憑《收費許可證》向財政主管部門申領收費票據。同時必須認真實施收費公示制度。除公示的收費（學費、住宿費、代辦費）外，對入學后的學生**再收取其他任何費用。其他事項應嚴格按照福建省物價局等部門聯合印發的《福建省民辦教育收費管理實施細則》執行。