歷時三年，遷至倉前山太古坪（今倉山小學內）。1873年買下外商經營的“太茂茶行”作校舍，即現在的十六中校址（倉前山麥園路35號）。1909年改校名為“毓英女塾”，學校自創辦至此時都沒有固定的學制，以后學制定為8年制，再改校名為“毓英女子學校”，1927年向當時的福建政務委員會申請立案，9月新學期開始時，正式定名為“福州私立毓英女子初級中學”這一校名一直沿用至1952年。
　　“毓英”自1859年創辦到1952年人民政府接辦，共93年歷史，畢業學生約1200人（平均每年畢業約13人）。“毓英”的辦學經費來源于衛理公會，主理校政者均為美藉女傳教士。1927年“收回教育權”后，成立校董會，由校董會指派三人，組成三人小組主理校政，兩年后改為董事會下的校長制。
　　抗戰時期，“毓英”四度遷徙（遷往閩清、順昌），二度易名（改為衛理公會所屬的“三聯中”）。
　　1952年7月，福州市人民政府接辦“福州毓英女子初級中學”，并將“福州私立尋珍女子初級中學”和“福州私立郵電學校”的女生并入，成立“福州第二女子中學”，由初級中學改為完全中學，學校性質由私立轉變為公立。1956年，“福州第二女子中學”改名為“福州第十六中學”，男女學生兼收，結束了女校歷史。
　　黨的十一屆三中全會以來，學校面貌起了顯著的變化。中考成績一直居市屬一般中學前列地位，榮獲“四率”先進單位。
　　1985年以來，學校先后獲得了“福建省文明學校“、”福建省教育先進單位“、“福州市文明單位”等市級以上榮譽稱號與獎勵70多項。
　　另外，學校傳統的運動項目是排球。