港南區內有江南中學以及貴港市職業教育中心，新建了港南中學，創辦了華南高中、創新中學等多間民辦學校及職業培訓學校。
2013年港南區義務教育鞏固率達88.67%，港南中學創建自治區示范性高中順利通過驗收，全年投資7717.6萬元新建和改造校舍。
2013年港南區合計投資24715萬元，建設教學樓25幢、學生宿舍樓8幢、教師周轉宿舍樓14幢、食堂樓19幢、廁所一座、幼兒園68個，建設面積17.51萬平方米，涉及學校120多個。
至2013年底，港南區有注冊的民辦幼兒園79所，農村小學附設學前班266個班。8個鄉鎮中心幼兒園在籌建。