廣西壯族自治區水文水資源局成立于1956年1月，為自治區水利廳管理的相當副廳級參照公務員法管理事業單位，增掛廣西壯族自治區水環境監測中心牌子，負責組織實施管理全區水文工作。
廣西壯族自治區水文水資源局內設機構有辦公室、人事處、計劃財務處、站網監測處、水情處、水質監測處（水資源評價處）以及機關黨委、監察室，下轄南寧、柳州、桂林、梧州、貴港、玉林、百色、賀州、河池、來賓、崇左市水文水資源局（增掛××市水環境監測中心）和廣西沿海水文水資源局（增掛廣西沿海水環境監測中心）。