十六中學始建于1934年，原名廣州培桂中學，由近代著名教育家、民主革命活動家，被周恩來譽為“一代宗師”馬君武先生創建。1953年改為公辦，當年由著名語言學家王力題寫校名，1994年被評為首批廣東省一級學校。

學校以“把16中辦成觀念新、隊伍強、質量高、校風好、環境美、設備先進、管理科學、有特色的現代化學校”為辦學目標，以“自主學習、自我教育、自求發展”為辦學模式和培養目標和培養目標，并以“志、勤、美”的校風，“樂業、愛生、嚴謹、創新”的教風，“勤奮、扎實、靈活、創造”的學風統一思想和步調，以學生發展為本，為學生可持續發展奠基，全面實施素質教育，堅持培養個性特長。

于1993年學校被評為首批廣東省一級學校，2006年12月通過了廣東省示范性普通高級中學初期督導驗收，2007年12月被評為廣東省高中教學水平評估等級學校，2010年增設南校區(廣州市第七十九中學)，實現了大面積、高速度地提高辦學水平的目標。

學校先后榮獲全國示范家長學校、廣東省文明單位、廣東省教育系統先進集體、廣東省師德建設先進集體、廣東省綠色學校、廣州市文明單位標兵、廣州市先進集體、廣州市文明示范校園等稱號。

在“整體優化、為國育人”的思想指導下，學校全面實施素質教育，培養學生個性特長，教學質量穩步提高。已連續14年獲市高中畢業班工作評估一等獎，連續12年獲市、區初中畢業班工作評估一等獎，高考、中考多項指標位居廣州市前列，越秀區。學生學習基礎扎實，品德行為良好，參加全國、省、市區級各類競賽，獲獎人數眾多。

學校制定了“教育觀念新、師德風尚好、教育理論和知識技能水平高、科研能力強”的隊伍建設目標，在教職工中形成了“事業、工作、學生”良好風氣。

學校堅持以德育科研推動德育工作的發展，以“三自教育”模式的探索為主線，努力做到德育工作課題化。先后開展了“整體構建學校德育體系的深化研究與推廣實驗”、“青少年行為習慣與人格的關系研究”、開展“中學生公民道德教育實驗研究”、“團體心理輔導”等課題實驗，結合學習和貫徹《中共**國務院關于進一步加強和改進未成年人思想道德建設的若干意見》，根據學生不同年齡階段的成長規律，進行“各年級學生‘自我發展’目標設計實施策略及管理評價”的德育改革，并以此為課題進行研究，形成各年級思想教育主題和目標遞進層次，加強德育的針對性和實效性。

德育基地網絡包括學軍、學農、社會實踐、志愿者服務、愛國主義教育基地等，為學生搭建實踐、鍛煉的大舞臺。

學校團委、少先隊、學生會年年被評為先進：2003、2004年兩年被評為東山區紅旗大隊;2003年至2005年連續三年學校學生會均獲廣州市學生會;同時，2003學年團委也被評為東山區先進團委、團干部個人;2004年東山區先進團委、團干部個人;2004年每年初二(5)被評為廣州市特色小隊;2004年通過廣州市青年文明號復核;何夢圓同學獲國家教育部、中國福利會、宋慶齡基金會——第六屆宋慶齡基金獎;學校還被評為全國家庭教育研究實驗基地。

2004年被評為東山區教育系統德育示范單位。2006年5月被廣東省青少年中心評為課題研究工作“先進單位”。2006年12月在示范高中初期評估中，學校德育工作得到的充分肯定。2007年9月學校少年軍校以優異的成績被評為“廣東省少年軍校示范學校”。

從教育觀念、師德風尚、育理論和知識技能水平，教育科研能力等方面提升教師，做到“三熱愛、三服務”(熱愛事業、學校、學生;為學生、家長、社會服務)，發揚十六中人的敬業愛生的奉獻精神、學習互助的合作精神、鉆研拼搏的進取精神、自求發展的自主精神。

現狀學校現有專任教師153人，其中特級和高級教師共47人，中級職稱教師79人，具有碩士學歷和研究生課程班畢業的教師共31人，省市級骨干教師11人、省市區級“百、千、萬工程”名教師6人。省市高級教師評審委員會入庫評委、中級教師評審委員會入庫評委共15人，市區教研會會長、理事共8人、市學科教研中心組成員25人。在職教師中有全國先進工作者、全國模范教師、廣東省五一勞動獎章獲得者、南粵教師、南粵教書育人教師、廣東省班主任、南粵教壇新秀、市勞動模范、市共產黨員、市教師、市政府記二等功等教師共49人;區名教師、區師德楷模、區共產黨員、區教師、區政府記功嘉獎等共123人。