廣州市萬頃沙中學創辦于1956年，是一所全日制初級中學。建校初期，借用珠江口西岸的大角山海軍營房做校舍，1963年遷到現址重建。當時僅有磚木結構平房6幢，建筑面積約2400平方米，校園用地面積為2230平方米。1997年，區鎮兩級政府投入1300多萬元，對萬頃沙中學校舍進行了全面的改造，摘掉了薄弱學校的帽子；2004年，投入了近200萬元完成了電教室、電腦室、教師辦公室、勞技室等場室配套設施的建設，投入55萬建設校園網，學校被評為區一級學校；2006年，投入近400萬元用于學校的信息技術設備建設、校容校貌和場室的改造以及校園文化建設，全部課室和功能室都配備了多媒體電教平臺、電子閱覽室和教師人手1臺的辦公電腦，實現教學手段信息化，學校又踏上了廣州市一級學校的臺階。2008年，鎮政府投入了130多萬元，把學校的200米煤渣跑道改造成為塑膠跑道；建造了學生宿舍的太陽能熱水系統；完成了學校食堂油改氣工程；完善了學生宿舍的設施設備，進一步優化了辦學條件。
　　目前，學校占地面積20527平方米，建筑面積14680平方米；教學樓、綜合樓、教師宿舍樓、學生宿舍樓、師生食堂、體育館分布有序；實驗室等各類場室一應俱全。2006年，為合理配置教學資源，優化辦學條件，創建廣東省教育強鎮，萬頃沙鎮政府把原萬頃沙二中合并到萬頃沙中學。學校現有32個教學班（其中校本部22個班，分校10個班），在校學生1391人（其中校本部981人，分校410人）。
　　目前，學校在編教師110人，本科或以上學歷的教師80人，占教師人數的72.7%；中高級教師61人，占教師人數的55.5%。教師隊伍團結協作，開拓進取，在全面推進素質教育、創建品牌學校的進程中，我校涌現了一批師德高尚、教學技能高超的好老師，他們先后成為市、區教師和班主任；有4名教師成為南沙區的骨干教師；有南沙區教研會會長和學科帶頭人1名，教研會會員6名；有10名教師參加了廣州市**批農村地區初中教師培訓，7名教師參加第二批培訓。近兩年，教師撰寫論文、參加各類競賽等都獲得比較好的成績，其中國家級1項、省級5項、市級15項、區級5項。
　　學校堅持“以人為本，促進學生、教師、學校共同發展”的辦學理念，構建了“分層教學、分類推進，全面提高”的教學模式。近年來，學校以深化教育改革、大力推進教育創新為動力，進一步解放思想，開拓創新，注重校園文化建設，努力打造書香校園。
　　學校重視教育科研，大興科研興校之風。目前，學校已立項的課題有六項，其中國家級子課題1項，市級課題2項，區級課題3項。學校是“國家家庭教育指導‘十一五’研究基地”、“‘十一五’全國教育技術研究重點課題《信息技術與學科有效整合的模式及應用方法體系研究》實驗基地”、全國教育科學“十一五”規劃教育部重點課題《有效推進區域教師專業化發展》子課題實驗學校。在區政府、教育局、萬頃沙鎮政府和市教科所領導的高度重視和大力支持下，我校成為廣州市教育科學研究所實驗中學，目前學校正著力于深化內涵發展，全力打造品牌名校。