海口市交通運輸和港航管理局為主管全市交通、港口和農村公路的市政府工作部門。海口市交通戰備辦公室是海口市國防動員委員會的辦事機構，在市交通運輸局掛牌。內設9個正科級職能機構：辦公室、組織人事處（機關黨委辦公室、紀檢監察處）、計劃財務處、政策法規處、規劃建設處、運輸管理處、公交客運管理處、港航管理處、安全監督處（交通戰備處）。6個局直屬事業單位：市道路運輸管理處、市交通港航綜合執法支隊、市港航管理處、市地方公路管理站、市第二地方公路管理站、市交通港航信息中心。4家企業：市運輸公司、市第二運輸公司、市第二客運公司、市航運公司。 中共海口市交通運輸和港航管理局直屬機關委員會管轄11個機關黨委、黨支部、支部，分別是：市道路運輸管理處黨總支、局機關黨支部、局機關離退休黨支部、局機關瓊山離退休黨支部、市港航管理處黨支部、市公路站黨支部、市第二公里站黨支部、市運輸公司黨支部、市第二運輸公司黨支部、市第二客運公司黨支部、市航運公司黨支部。