湖南隆平種業有限公司的前身為國家雜交水稻工程技術研究中心下設的種子開發部，2003年7月由袁隆平農業高科技股份有限公司（簡稱隆平高科）及國內種業界精英共同出資設立法人單位：湖南隆平高科農平種業有限公司，注冊資金8000萬元，是集主要農作物種子育、繁、推、銷于一體的大型種業公司。2007年5月正式更名為湖南隆平種業有限公司。
公司作為隆平高科旗下大的核心產業子公司，是我國大的雜交水稻專業化種子公司，致力于以雜交水稻為核心的農作物新品種選育創新和產業化開發，占有全國雜交水稻種子15%的市場份額（隆平高科系統占有全國雜交水稻種子30%的市場）。