“一體兩翼多種體制”的新型組織結構是其特色。杭州二中教育集團由以杭州二中——公辦寄宿制一級重點中學為龍頭學校，國有民辦省二級重點中學——杭州二中分校、純民辦的完全中學——余杭杭州二中樹蘭實驗學校、國有民辦九年一貫制的江南實驗學校和中外合作的二中國際部組成。

學校抓好“三個創新”——辦學體制創新，管理模式創新，教育教學模式創新；實施“四項工程”——全力推進教育信息化工程，積極實施教育國際化工程，努力推進學校辦學體制“綜合化”工程，大力推進素質教育改革“全面深化”工程。

目前學校正以名品化、現代化和國際化為目標，努力把學校建設成為浙江省先導型的現代化學校，全國的實驗性學校，有一定國際影響的開放性學校。