杭州市瓶窯中學創建于1956年秋，其前身是“杭縣第三初級中學”。因區劃調整，幾易其名。1958年5月改稱“余杭縣第三初級中學”，1959年1月改稱“臨安縣瓶窯初級中學”，1961年5月改稱“余杭縣瓶窯初級中學”。1970年開始招收高中學生，改稱“余杭縣瓶窯中學”，1974年4月升為縣屬學校。1994年，余杭撤縣設市，更名為“余杭市瓶窯中學”。1998年秋，學校停辦初中，成為高級中學。2001年3月撤市設區，改用現名。