2013年末全市高等院校在校生33409人；中等職業學校48所,在校生75477人；普通高級中學41所,在校生15.59萬人；普通初級中學313所,在校生34.14萬人；小學共1563所,在校生81.09萬人。初中畢業升學率72.64%，小學畢業升學率95.63%,學齡兒童入學率99.99%。
高校：菏澤學院、菏澤醫學高等專科學校、菏澤職業技術學院、菏澤家政職業學院、 齊魯工業大學菏澤校區
技校：菏澤衛生學校、菏澤衛生預備役學校、菏澤音樂學院、菏澤市技術學院、菏澤市交通高級技工學校、巨野武術學校、巨野縣職業中等專業學校、鄆城宋江武術學校、東明東方武術學校、曹州武術學校、中原藝校、菏澤新聞學院