學校始建于1962年，原名為南京市唐山路中學，后與中山橋中學合并，更名為南京市第四十一中學。1984年南京市政府決定恢復南京師范專科學校并設校址于此。為了支持師專辦學，學校停辦了高中，并于1985年更名為南京師范專科學校附屬中學。因南京市教育布局調整，南京師范專科學校升格為南京曉莊學院。為沿襲歷史，同時引入名校的優質教育資源，經南京市人民政府批準，學校于2006年3月又更名為南京曉莊學院附屬中學，并增掛南京市**中學分校校牌。
該校是南京市教育局直屬唯一的初中學校，校訓為“厚德崇真”。學校現有20個班級，學生近900人，教職工92人。校領導班子年輕有為,勤政廉潔,銳意進取,各項工作取得了長足發展,教師隊伍德能雙馨。近幾年,學校先后被評為“江蘇省實施教育現代化工程示范初中”，“江蘇省文明單位”，“南京市德育先進學校”，“南京市心理教育實驗學校”，“南京市三八紅旗集體”，”江蘇省巾幗示范崗”,理、化、生實驗室躋身“南京市先進實驗室”行列。2006年學校被批準為南京市小班化教育實驗學校，現在，學校全面實施小班化教學，推行“自主、互助”新的課堂教學模式，強調發揮學生的主體作用。學生座位秧田式變成圓圈式，實行“15+30”課堂時間，老師講授時間一般不超過15分鐘，而學生自主學習討論的時間為30分鐘左右。老師精心編制“導學條”，它不同于教案、學案、練習卷、學習提綱等，內容由學習目標、學法建議、探究重點、反饋提升四部分構成。每個小組就圍繞“導學條”進行討論，極大地提高了學生的學習興趣。經過一段時間的探索，取得了令人矚目的成績，三個年級在下關區統考中均名列前茅，教學業績譽滿城北。
