建設(shè)綜合勘察研究設(shè)計(jì)院前身是**人民政府建筑工程部設(shè)計(jì)公司下屬的勘察組，始建于1952年7月，當(dāng)時(shí)僅承擔(dān)一些土壓試驗(yàn)工作。
1953年2月，原設(shè)計(jì)公司改組為設(shè)計(jì)院，勘察組擴(kuò)充為勘測(cè)室，稱建筑工程部設(shè)計(jì)院勘測(cè)室，主要從事地形測(cè)量和工程地質(zhì)勘探及土壤試驗(yàn)。勘測(cè)室的工作性質(zhì)開始由擔(dān)任一般的民用建筑轉(zhuǎn)向工業(yè)建筑勘測(cè)。
1954年10月9日，建筑工程部設(shè)計(jì)院勘測(cè)室擴(kuò)充為建筑工程部勘察公司，公司在原有業(yè)務(wù)的基礎(chǔ)上，又增設(shè)了建筑材料試驗(yàn)業(yè)務(wù)。
1956年4月，公司已在陜西、湖北、四川設(shè)立了西北、中南、西南三個(gè)分公司，此時(shí)，全公司的人數(shù)已達(dá)到1000人，勘察公司改組為勘察院。
1956年5月24日，建筑工程部綜合勘察院正式成立，機(jī)構(gòu)設(shè)置為測(cè)量室、工程地質(zhì)室、水文地質(zhì)室、建筑材料室、試驗(yàn)室及8個(gè)職能處室和三個(gè)分院，業(yè)務(wù)范圍又增加了水文地質(zhì)專業(yè)。
1958年，建筑工程部先后決定將原建筑材料工程勘察公司332人、建筑工程部機(jī)構(gòu)鑿井公司約800人及部各設(shè)計(jì)院的勘察力量集中到綜合勘察院，使之隊(duì)伍增至3900人。在同年的7月和10月，綜合勘察院又分別在上海、東北成立了華東分院和東北分院。從此，綜合勘察院已擁有了一支具有相當(dāng)規(guī)模和一定技術(shù)力量的勘察隊(duì)伍。
1960年，由于基本建設(shè)戰(zhàn)線的縮短，建工部決定精簡(jiǎn)勘察機(jī)構(gòu)，1961年1月12日，綜合勘察院及其所屬分院被撤銷。各省、市、自治區(qū)設(shè)計(jì)機(jī)構(gòu)的勘察力量合并到部非金屬礦地質(zhì)公司及各分公司。
1964年3月9日，建工部決定將非金屬礦地質(zhì)公司和分公司的勘察、鑿井力量集中起來，恢復(fù)綜合勘察院和機(jī)械鑿井公司。綜合勘察院的機(jī)構(gòu)設(shè)在北京，設(shè)有政治部、生產(chǎn)技術(shù)室、設(shè)備供應(yīng)室、辦公室、財(cái)務(wù)科及三個(gè)勘察隊(duì)和一個(gè)研究室，并在西北、西南、中南、華東建立分院及東北勘察大隊(duì)，全院總編制為1490人。主要承擔(dān)國(guó)家重點(diǎn)工程、援外工業(yè)建筑勘察；配合本部各設(shè)計(jì)院設(shè)計(jì)的工程地質(zhì)和測(cè)量工程及工業(yè)、農(nóng)業(yè)鑿井任務(wù)。
1969年，遵照上級(jí)關(guān)于干部下放勞動(dòng)的指示，綜合勘察院部分干部于5月份去河南“五七”干校，半年后，全院遷至河南博愛。
1970年9月30日，國(guó)家建委決定將綜合勘察院下放至山西，基地建在太谷。期間，綜合勘察院下屬的各個(gè)分院相繼下放給當(dāng)?shù)仡I(lǐng)導(dǎo)。
1974年，國(guó)家建委根據(jù)國(guó)務(wù)院、**軍委關(guān)于“組織勘察設(shè)計(jì)隊(duì)伍承擔(dān)邯邢基地有關(guān)勘察設(shè)計(jì)任務(wù)”的指示，于同年7月29日決定將綜合勘察院調(diào)至河北邯鄲，組建華北勘察院，承擔(dān)邯邢基地、國(guó)家重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目和援外工程的勘察任務(wù)，以及有關(guān)勘察方面的技術(shù)歸口工作。
1978年2月25日，國(guó)家建委決定將華北勘察院改由建筑科學(xué)研究院領(lǐng)導(dǎo)，更名為建筑科學(xué)研究院勘察技術(shù)研究所，同時(shí)遷至北京，主要承擔(dān)建筑勘察技術(shù)、勘察機(jī)具的研究和勘察技術(shù)的管理工作。
1982年，在城建、建工、建材等行業(yè)的基礎(chǔ)上組建了城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部。1983年6月21日，勘察技術(shù)研究所恢復(fù)為綜合勘察院并從建研院中出來，由城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部直接領(lǐng)導(dǎo)。主要承擔(dān)城鄉(xiāng)建設(shè)和國(guó)家重點(diǎn)工程勘察任務(wù)，開展國(guó)際工程勘察承包和咨詢業(yè)務(wù)；負(fù)責(zé)城鄉(xiāng)建設(shè)重點(diǎn)工程勘察和科技攻關(guān)、技術(shù)開發(fā)、技術(shù)交流及技術(shù)推廣工作；并組織編制城鄉(xiāng)建設(shè)工程勘察的技術(shù)規(guī)范、規(guī)程。
1985年10月11日，為了加強(qiáng)勘察領(lǐng)域的科學(xué)研究工作，國(guó)家科委批準(zhǔn)綜合勘察院改名為綜合勘察研究院。至此，綜合勘察研究院已具有工程勘察、工程總承包甲級(jí)、施工一級(jí)、設(shè)計(jì)乙級(jí)的資質(zhì)，并進(jìn)入了“中國(guó)勘察設(shè)計(jì)綜合實(shí)力百?gòu)?qiáng)”單位的行列。同時(shí)，成為勘察設(shè)計(jì)行業(yè)中**批有對(duì)外經(jīng)營(yíng)權(quán)的經(jīng)營(yíng)實(shí)體，并在香港、深圳、珠海、汕頭、海南等地設(shè)立了分支機(jī)構(gòu)，綜合勘察研究院已成為擁有相當(dāng)實(shí)力水平的勘察研究機(jī)構(gòu)。
1988年4月，城鄉(xiāng)建設(shè)環(huán)境保護(hù)部更名為建設(shè)部，綜合勘察研究院更名為建設(shè)部綜合勘察研究院。
1994年3月，建設(shè)部綜合勘察研究院更名為建設(shè)部綜合勘察研究設(shè)計(jì)院。
2000年10月，根據(jù)國(guó)家關(guān)于部屬科研事業(yè)單位轉(zhuǎn)制的精神，建設(shè)部綜合勘察研究設(shè)計(jì)院與建設(shè)部脫鉤轉(zhuǎn)企進(jìn)入中國(guó)電子信息產(chǎn)業(yè)集團(tuán)公司，成為該集團(tuán)公司直屬科技型企業(yè)。
2001年，建設(shè)部綜合勘察研究設(shè)計(jì)院進(jìn)行更名，即建設(shè)綜合勘察研究設(shè)計(jì)院。
2009年，建設(shè)綜合勘察研究設(shè)計(jì)院股份制改造完成，更名為現(xiàn)名稱，即建設(shè)綜合勘察研究設(shè)計(jì)院有限公司。
2011年，建設(shè)綜合勘察研究設(shè)計(jì)院有限公司安徽分院成立。