我局前身為“長江口航道建設有限公司”，由交通部、上海市和江蘇省為國家重點工程長江口深水航道治理工程建設于1998年1月而組建。為了更好地進行長江口航道建設和管理，根據交通部、上海市和江蘇省的意見并經中編辦批準，2005年7月單位轉制為“交通部長江口航道管理局”，現改名為“交通運輸部長江口航道管理局”。主要負責長江干線瀏河口至長江入海口長約122公里的航道規劃、管理、建設、維護和科研工作。為交通運輸部所屬的長江口航道管理主管部門。
局為正局級事業單位，地處上海市威海路黃陂路，人民廣場旁。