南菁書院光緒八年（1882），江蘇學政黃體芳倡捐廉俸，在兩江總督左宗棠的支助下，卜地于江陰城內中街長江水師京口營游擊、協鎮兩署故址，創辦南菁書院。八年九月至九年六月完成了頭期建院工程。光緒十二年（1886），江蘇學政王先謙創辦了南菁書局。書院歷經十六年，先后任院長者有張文虎、黃以周、繆荃孫、林頤山、亦曾、陳昌紳等。入院肄業的課生有一千一百八十六名（失落資料的人數不在內），其中進士八名，舉人四十六名，秀才三百二十七名（肄業后考取功名的不在此數）南菁高等學堂光緒二十四年（1898），清政府力圖改革，命各省書院一律改為中西兼習的學堂。學政瞿鴻機以“南菁雖在江陰縣治，而肄業者及全省人才所萃”為由，奏請照省王城書院例改為“南菁高等學堂”。未幾，新政作罷，政制復舊，南菁徒留學堂名稱，內容仍屬書院舊制。江蘇全省高等學堂光緒二十七年（1901），各地書院先后改為學堂。江蘇學政李殿林奏改“南菁高等學堂”為“江蘇全省高等學堂”，選課生百名入學，聘丹徒丁立鈞為總教習。光緒二十九年（1903），學政唐景崇蒞任，照通行章程更定職名，始設監督（相當于總教習）、教務長、庶務長，并增添了教員。聘泰興金式為監督。每月朔望增設“會講”，由監督及教員集諸生于講堂，開講倫理、掌故，次及科學和外文。高等文科**類學堂光緒三十三年（1907），江蘇省教育總會以南菁高等學堂程度不符合，具呈學部請改辦“高等文科**類學堂”，并停辦“高等學堂預科”。由四川宋育仁任監督。宣統三年（1911），辛亥革命事起，全國響應。九月，江陰宣告。地方多事，學校暫行停辦。江蘇公立南菁學校民國元年（1912）一月，江蘇都督莊蘊寬照會江蘇教育總會議決，更校名為“江蘇公立南菁學校”。聘上海朱壽朋（錫百）為校長。三月，朱壽朋因事辭職，聘無錫胡雨人為校長。甲種農林科學校民國六年（1917）七月，錢樹霖辭職，由孫中山先生的秘書江蘇寶山人袁希洛任校長。改辦“甲種農林科學校”私立南菁學校民國十年（1921）九月，因經費困難，農林兩科均停止進行，仍改辦普通中學，改校名為“私立南菁學校”民國十四年（1925）一月，直奉戰爭，奉軍包圍直軍于江陰城中，要塞巨炮向城中轟擊，南菁佼舍中彈十二處，化學、物理等儀器損失甚巨。幸炮彈均未炸裂，得免人員傷亡。第四中山大學區南菁學院民國十七年（1928）十月，全國推行大學區體制，南菁改稱“第四中山大學區南菁學院”江蘇南菁中學民國十九年（1930）十月，陳綸調往無錫中學任校長，由張仲友（孝如）繼任。九月一日，廢止大學區體制，改校名為“江蘇南菁中學”，中學部主任改稱校長。南菁滬校民國二十八年（1939）一月，旅滬校友和原有教職員，鑒于避滬青年慘遭失學，有乃租賃上海跑馬廳路（后改名武勝路）紹耕里六號七層樓一幢，成立“南菁滬校”（對外使用“江蘇南菁中學”。上海私立漱蘭中學民國三十一年（1942）二月七日，另覓靜安寺路四開一號“懷久女中”原址，開辦“上海私立漱蘭中學”，恢復上課。江蘇省立第九中學民國二十八年（1939）秋季，江陰偽縣政府恢復縣初中（當時稱縣中學），借南菁殘存的平房校舍開學。民國三十三年（1944）一月，校名改稱“江蘇省立第九中學”江蘇公立南菁中學民國三十四年（1945）八月，抗日戰爭勝利。江蘇教育廳派員接收“九中”，改校名為“江蘇公立南菁中學”。江蘇省立南菁中學民國三十六年（1947）七月，校長李天民幾經與校董會、省廳協商，達成“省立”協議，由教育廳長陳石珍提案，議決改校名為“江蘇省南菁中學”。蘇南南菁中學一九四九年四月，江陰解放，隸屬于蘇南行署領導，定校名為“蘇南南菁中學”。江蘇省南菁中學（一）一九五三年六月，撤銷蘇南行署，南菁改名“江蘇省南菁中學”（**次命名）。學校開始試行“中等學校暫行規定”。江蘇省南菁高級中學（一）九五八年秋，江蘇省教育廳指示：南菁專辦高中，更校名為“江蘇省南菁中學”（**次命名）。開設高中二十二個班。江蘇省南菁中學（二）一九六八年秋，恢復初中招生，開設初中十班，高中五班。第二次改名為“江蘇省南菁中學”。十月十四日，紅星染織廠宣傳隊進校。在文化革命期間，有幾年本校在地方上暫稱“江陰縣紅星中學”。江蘇省南菁高級中學（二）一九九二年九月十日，江蘇省教委批準本校更名為“江蘇省南菁高級中學