南京市第三高級中學是一所具有百年悠久辦學歷史的江蘇省四星級高中。

我校坐落在白下區太平南路商業街。校址原為創建于光緒二十八年（1902年）的上元高等小學，而后四易其名，1938年改為正始中學，1946年學校改稱為南京市第三中學。從四十年代正始中學的“格物致志誠意正心修身齊家治國平天下”;到五十年代的“誠樸友愛勤學向上”;到八十年代“五有一和諧”的辦學藍圖和九十年代的“教學生學會做人，教學生學會學習”，學校貫穿著一條“治學做人”的辦學理念。1995年被確認為南京首批重點高中，1998年被確認為江蘇省重點高中，1999年被評為江蘇省模范學校，2005年被省教育廳確定為四星級普通高中。

根據白下區政府有關教育布局調整的決定，2005年南京三中高、初中分別設置。高中為兩個校區，即“三中本部校區”（白下路117號）、“三中高三校區”（金鑾巷2號）。2005年8月，初中移址辦學（校址：文昌巷63號，原南京22中校園），更名為“文昌初級中學”，實行了“三”。

2011年4月，經南京市人民政府辦公廳批準，南京三中、南京六中兩所百年老校資源整合，成立新的南京市第三高級中學。學校秉承陶行知老校長辦學思想，以辦人民滿意的教育為宗旨，在推行素質教育的道路上積極探索適合不同學生終身發展的教育，堅持辦學的多樣化和特色化，努力把新三中辦成江蘇省四星級優質高中校、全國學陶師陶基地校、國際有影響的素質教育特色示范校。學校的辦學思想、辦學理念、學風、教風和校風深入人心，得到社會各界的高度贊揚和充分肯定。學校現為一校兩部和四個校區的教育規模，其占地面積達80多畝;學校現擁有98個教學班級，在職教職工432人，在校學生4100多人。

教師隊伍中擁有江蘇省特級教師、市區學科帶頭人、市青優120人，博士、研究生學歷80多人，一批教學業務精湛、管理經驗豐富、工作精力充沛、教學實績突出的教師構成了三中高素質的教師群體。校長呂天縱是南京市名校長，首屆行知獎獲得者，自2004年南京市教育局對高中的辦學績效進行評估以來，學校連續八年獲得南京市高中辦學績效和高考質量兩項高獎勵，今年還蟬聯南京市第二屆校長質量管理獎。學校重視素質教育，建有校本課程教研組，15年來，每學期都開設二十多門校本課程。體育、藝術和科技等校本課程已經在國內外產生了一定影響，特色顯著。