南京大學是全國早開展環(huán)境科學研究和教學的單位之一。1978年教育部批準成立環(huán)境科學研究所，1984年成立環(huán)境科學系，1993年更名為環(huán)境科學與工程系，1999年成立環(huán)境學院，下設(shè)環(huán)境科學系和環(huán)境工程系。自1978年以來，環(huán)境學院已逐步形成了本科生、碩士生、博士生、博士后和繼續(xù)教育完整的環(huán)境教育體系。現(xiàn)有環(huán)境科學和環(huán)境工程兩個系，以及“污染控制與資源化研究國家重點實驗室”等10余個研究單位。
1994年環(huán)境科學成為江蘇省重點學科，1996年列入南京大學“211工程”學科群建設(shè)計劃，后列入南京大學“985工程”重點建設(shè)學科。2000年，環(huán)境科學與工程學科獲一級學科博士學位授予權(quán)。2001年環(huán)境科學成為國家重點學科，同年環(huán)境工程成為江蘇省重點學科。目前環(huán)境科學是國家重點學科，環(huán)境工程是國家重點學科培育點，環(huán)境科學與工程是江蘇省一級重點學科。
環(huán)境學院現(xiàn)有教職工100人，其中教師77人，包括中國工程院院士1人，教授31人，副教授23人，博導(dǎo)26人。在校本科生360余名，碩士生320余名，博士生100余名和博士后研究人員10余名。2000年以來，主持國家、省部級研究課題數(shù)百余項，科研經(jīng)費逾億元。在國內(nèi)外學術(shù)刊物上發(fā)表論文千余篇，其中SCI源刊物論文近500篇，在全國環(huán)境類單位中名列前茅。獲國家、省部獎50余項，研究成果具有國際和國內(nèi)學術(shù)影響。
南京大學環(huán)境學院國際學術(shù)交流和合作日益活躍。2000年以來承擔了歐盟項目“中國東部經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)飲用水源中多氯化有機物的調(diào)查與風險評價”、“水體優(yōu)先污染物對食品品質(zhì)和人體健康的影響及其管理對策研究”等數(shù)十項國際合作項目，舉辦國際學術(shù)會議多次。與十多所國際著名大學和研究機構(gòu)建立了長期合作關(guān)系。
目前學院主要涵蓋環(huán)境科學與環(huán)境工程兩個二級學科，其中環(huán)境科學學科包括環(huán)境化學、環(huán)境生物學和環(huán)境規(guī)劃與管理三個方向，其主要研究方向如下：
環(huán)境化學方向主要開展有機污染化學、重金屬形態(tài)及生物有效性、環(huán)境分析化學等領(lǐng)域的研究。在有機污染物的結(jié)構(gòu)與其理化性質(zhì)、生物活性之間的定量關(guān)系研究、稀土元素的形態(tài)分析、環(huán)境行為和生物有效性研究、優(yōu)先控制有機毒物篩選和微量環(huán)境持久污染物監(jiān)測技術(shù)、受損環(huán)境修復(fù)機理與技術(shù)、飲用水中致突變前驅(qū)物的形成機理以及光催化氧化等高級氧化技術(shù)研究形成特色和優(yōu)勢。
環(huán)境生物學方向研究特色在于：分子水平上環(huán)境污染物的生態(tài)效應(yīng)及其機制研究；生物對環(huán)境污染的適應(yīng)及抗性機制；優(yōu)先控制污染物的生態(tài)基準和標準；有毒工業(yè)廢水中關(guān)鍵毒物的鑒別新技術(shù)；降解高濃度有機廢水基因工程菌的構(gòu)建和跨界融合技術(shù)。
環(huán)境規(guī)劃與管理方向長期致力于環(huán)境學基礎(chǔ)理論、水污染控制戰(zhàn)略、可持續(xù)發(fā)展規(guī)劃、環(huán)境管理與環(huán)境政策的研究。在環(huán)境基本規(guī)律及其內(nèi)涵、環(huán)境科學學科基礎(chǔ)理論、可持續(xù)發(fā)展理論與規(guī)劃、我國水污染控制戰(zhàn)略與實踐、環(huán)境經(jīng)濟評價的理論和方法、環(huán)境評估的公眾參與和信息公開化等方面的研究形成特色。
環(huán)境工程學科及方向擁有與英國Armfield公司共建的水處理工程開放實驗室。研究內(nèi)容涉及了當今社會主要的環(huán)境污染問題，開展廣泛的水、固廢、氣等各方面污染控制和資源化與清潔生產(chǎn)的研究開發(fā)工作，特別是長期致力于農(nóng)藥、染料、醫(yī)藥、化工等有毒有機廢水處理與資源化研究。研究開發(fā)出多項污染治理新技術(shù)，達到國內(nèi)和國際先進水平。
黨委
書記孫冶東主持院黨委全面工作
副書記劉建萍分管學生工作
行政
院長畢軍主持院行政全面工作
副院長楊柳燕分管本科生教學與培養(yǎng)
副院長張幼寬分管淮河水專項有關(guān)工作
副院長任洪強分管科研工作
副院長李愛民分管研究生工作
辦公室主任陳征負責院辦公室日常管理工作
環(huán)境科學系主任張愛茜負責環(huán)境科學系全面工作
環(huán)境工程系主任潘丙才負責環(huán)境工程系全面工作
院長助理崔益斌協(xié)助分管學院行政和信息化工作
院長助理許昭怡協(xié)助分管學科建設(shè)及發(fā)展規(guī)劃工作
院長助理柏益堯協(xié)助分管學院行政和信息化工作
