南京大學昆山創新研究院是由昆山市政府和南京大學共建共管，昆山市人事局編制辦公室批準的事業法人單位。研究院依托于南京大學的人才和技術優勢，緊密結合昆山的產業特色和發展需求，以昆山的新材料、新能源等產業的關鍵、共性技術需求為主導，構建政產學研緊密結合的科技創新創業平臺，開展技術應用研發和成果轉化工作，培育和發展創新型科技企業，為昆山的跨越發展提供科技支撐和智力支持。
南京大學昆山創新研究院下設南京大學昆山現代化研究院、南京大學千人計劃昆山工作站、南京大學產業經濟學博士生昆山工作站、南京大學研究生創新能力培養實踐基地、南京大學學生創業就業基地等。已經建立了南京大學昆山太陽能**利用技術工程中心，進行氫能與燃料電池、染料敏化太陽電池等技術的應用研發。目前已有國家 “千人計劃”、長江學者講座教授葉金花，長江學者特聘教授、973首席科學家鄒志剛，教育部新世紀人才周勇教授等國際知名學者及40多位研究生入駐南京大學（昆山）創新研究院從事應用科學研究與技術服務工作。
南京大學昆山太陽能**利用技術工程中心的部分研究成果—燃料電池和離網式風光互補電源已經直接轉化到昆山桑萊特新能源科技有限公司，進行批量生產與銷售。