基礎微生物重點實驗室是以微生物應用基礎理論為主，突出微生物應用特色的開放實驗室，主要研究方向有：
1 ．發酵工藝與代謝調控 ; 2 ．再生資源的微生物轉化 ; 3 ．生物活性物質的利用 ; 4 ．微生物育種與工程菌構建。該實驗室已經具備工業微生物育種、發酵與代謝調控、微生物生長反應學、工藝控制與分離提取、工程菌構建等應用基礎理論研究能力，可以承擔工業微生物領域應用基礎研究的重大課題，成為發酵工業人才培養基地和科研開發基地，重點實驗室的建設對推動我省微生物產業的發展起到了重要作用。
學生主要任務是輔助老師完成微生物相關的接種、染色、鏡檢、測微、計數、發酵等教學工作，并完成老師給的有關微生物的課題等。