南京市漢中門小學的前身,是以私立明德小學為基礎,與漢中堂義務小學、市立朝天宮小學等兩所小學合并而建立的。
　　1925年，基督教長老會設立了私立明德小學，從屬于1884年美國籍教師李滿夫人所創“明德女子書院”。
　　漢中堂義務小學在莫愁路388號。
　　南京市立朝天宮小學設在建鄴路6號文廟（即朝天宮）內，其前身是朝天宮簡易小學。
　　上述三所小學，于1952年4月合并，除漢中堂義務小學保留原址外，朝天宮小學與私立明德小學遷移至莫愁路401號建校。定名莫愁路第二小學，1952年10月“莫二小”又改名為南京市四區中心小學。
　　1970年8月易名四新小學。
　　1980年定名為建鄴區中心小學。
　　1974年，原侯家橋小學撤銷，部分班級和教師并入本校。84年原羅廊巷小學撤銷，部分班級和教師并入本校。99年原天妃巷小學撤銷，部分班級和教師并入本校。
　　2002年11月區劃調整，本校劃入白下區。
　　2004年區小學布局調整，原柏果樹小學所有班級和教師全部并入本校。
　　2005年更名為南京市漢中門小學