2002年10月南京市實施了以建鄴區為主體的行政區劃調整，建鄴區的教育隨之發生了根本性的變化：近三分之二的學校劃入他區，教育品牌資源基本流失，骨干教師比例大幅度降低。全區有中學9所，小學12所，幼兒園19所（公辦園5所），全區在校學生22380人，教育直屬機構有區電大、教師進修學校、少年宮、招考辦等，學校中現有國家級重點職業高中1所，省三星級高中1所，省示范初中4所，省（市）級實驗小學6所。

編制完成了《建鄴區教育布局調整及新區教育規劃方案》。全區3—5周歲幼兒入園率達97.3%，小學適齡兒童入學率和鞏固率均達100%，畢業率達100%；初中入學率100%、鞏固率99%，基本達到了“雙高普九”的要求，同時，有效解決了殘疾少年兒童、流動人口子女接受義務教育的問題。初中畢業生升學率達98%以上。其中普通高中招收新生1002人（含金陵中學河西分校），比2003年多招120人；職教類招生928人，比2003年多297人，增加47%；五年制大專生招生589人，比2003年多188人，增加46.8%。區電大在校生近4000人，比2003年增長20%，全日制普專畢業生就業率達85%，專轉本達15%。
2010年，基礎教育設施規劃總數由2004年的88所調整為132所。

截止于2012年金陵中學河西分校、金陵中學實驗小學、南京師大附中新城初中、南京師大附中新城小學、中華中學上新河初中、建鄴實驗小學等20余所新校先后建成開辦，建筑總面積超過20萬平方米，還有一批項目在籌備中，如南京外國語學校河西分校、蓮花九年制學校、江東九年制學校。