南京市水產科學研究所創建于1976年8月，是集科研、推廣、生產于一體的公益性水產科研推廣機構，公益性職能有：水產種質資源保護和地方優質野生品種的馴化、良種選育，漁業水域生態環境保護與水產疫病災害規律、防治技術的研究及爆發性魚病預測預報，漁業服務體系的建設、管理和技術標準的制定、宣貫，水產投入品和產品質量安全監督檢測及相關研究，水產增養殖共性技術的研究、推廣與培訓。
本所總部位于市中心西側，交通便利，占地20畝，有辦公、實驗樓6000m。內部機構設有辦公室、財務與資產管理辦公室、品種資源研究室、漁業環境與疫病防治研究中心、技術推廣服務中心、水產品質量監督檢驗站、科技開發中心。
2002年建成南京市水產品質量監督檢驗站，同年通過省級計量認證，正式掛牌運作，擁有實驗室600m，和國內外先進的檢驗檢測設備；2004年完成省級現代漁業（祿口）科技示范園建設，核心區面積600畝，并建成南京市魚病醫院；2005年建成水域環境修復微生物工程技術研發中心。多年來歷屆領導帶領全體職工堅持“以科研為手段，以推廣為紐帶，圍繞推廣搞科研，圍繞推廣搞服務，依托服務辦實體，辦好實體創效益”的工作思路，從事水產應用技術研究、示范推廣、苗種生產、魚病預測預報及防治、水產品質量監督檢驗等工作，獲省、市科技進步獎30余項，并在科技成果轉化中取得顯著效益，經濟收入穩步增長，科研實驗設施得到不斷更新和完善。