南京市上元中學的前身是實行“五四”分段九年制實驗學校──竹山學校，創建于1986年。1990年改名為“上元學校”。1996年，為適應教育事業發展，將原學校“一分為二”，中、小學分開設置，新成立了“南京市上元中學”，并于當年易地重建。

新校占地43000平方米（63.2畝），校舍總面積18000多平方米，可容納16軌48個班學生。學校建筑設計新穎，規劃布局合理，教學區、辦公樓、實驗樓、多功能報告廳連廊貫通，渾為一體；體育場、圖書館、實驗室、校園網絡、多媒體教室、電子備課室、閉路電視、安全監控系統一應俱全，設備先進；綠化美化的自然秀色和具有傳統美德宣傳特色的人文景點相映和諧，形成優化的育人環境。目前，學校有38個教學班級，1650余名學生，在職員工150人，學歷合格率100%，其中碩士研究生1名、本科以上人數達84.1%，中、高級職稱人數達70%。教學人員中學科帶頭人，青年教學標兵市級6人，區級12人，區青年骨干21人。

學校本著“創全面發展之優，示素質教育之范”的目標，著力構建素質教育的“立交橋”，初步形成“培養高尚道德（以傳統美德為切入點）──文明習慣養成──健康心理的培養”的德育一體化；“實施目標教學──開發學習潛能──發展個性特長”的智育一體化；“納入教學軌道──參加勞動實踐──引進職因素”的勞技教育一體化；“特色的藝術課──豐富的藝術活動──多彩的校園文化”的藝術教育一體化；“特色的體育課──參加健身活動──普及健康教育”的健體一體化。五個“一體化”構筑了素質教育的“立交橋”，促進了學生素質的全面發展，推進了素質教育的深入開展。
　　上元中學風雨歷程二十一年，是不斷改革發展的二十一年，是不斷創新進取的二十一年。上元中學在辦學過程中始終牢牢抓住“育人為本”這個主題，深入進行德育改革，1989年是省教委首批命名的“江蘇省德育先進學校”，十多年學校始終堅持“德育為首‘五育’和諧發展”的辦學方向，不斷深入德育改革，近年來開展，“弘揚中華民族傳統美德德育模式”的研究，在傳統美德的認知教育，創建傳統美德校園文化和傳統美德內化成行為的的養成教育方面，取得可喜的經驗，使學校德育工作再上一個新臺階，顯現出學校辦學特色。
　　上元中學的師生們通過不懈的努力，各項業績取得顯著成效，學校先后多次被省、市、區政府命名為“文明單位”，89年被評為“江蘇省德育先進學校”，93年被評為“江蘇省模范中學”，1996年辦初中后，學校先后獲得“南京市模范中學”、區“文明單位”和區“先進學校”、區“1·3·5工程先進學校”、區“課堂教學改革先進學校”、1999年被首批評為“江蘇省教育現代化示范初中”。學校的教育教學質量一直穩居江寧區前列，每年畢業生升入高一級學校達96%以上，年年榮獲江寧區教學質量一等獎；學校全面實施素質教育，藝體特色業已初步形成，課間學生“陽光運動”生機勃勃。2007年，我校被評為南京市體育傳統項目學校，獲南京市第二十五屆“展望杯”田徑比賽少年組**名，學校舞蹈隊節目獲2007年江寧區文藝匯演一等獎并參加“和諧江寧大舞臺”的演出。
　　學校依法治校成果顯著，連年被評為區“普法、依法治校先進學校”；德育工作更加注重家庭、學校、社區聯系，“百名教師訪千家”活動取得了良好的社會效益；學校教學管理內容進一步細化，不斷推進作業布置、預習提示已初見成效；校內人事制度改革成果已初現端倪。
　　目前，全面擴容、出新上元中學的方案已經獲區教育局正式批準立項，上元中學跨越式發展硬件條件將更加完善，上元中學更加美麗漂亮的校園環境指日可待。一所高質量、人民滿意的的現代化中學正逐漸顯現在南京教育的美麗風景線上。