南寧市邕寧區那樓中學創辦于1950年秋，前身為“靈西中學”，原隸屬廣東省靈山縣管轄，校址為原三凝書院（創辦于1888年）舊址。1951年2月，更名為“邕寧縣第二初級中學”，1969年9月開始招高中，學校成為完全中學，校名又改為“邕寧縣那樓中學”，2005年撤縣設區后更名為“南寧市邕寧區那樓中學”，是一所公辦學校。
2012年，學校有教職工121人，其中專任教師104人，高級教師5人，一級教師71人，本科學歷以上86人，學歷合格率100%。現有34個教學班，在校生1918人。
近年來，學校在上級大力支持下，全面開展校園基礎設施建設，共投資2440多萬元，其中上級撥款1949.63萬元。學校的辦學條件得到了極大的改善，校容校貌煥然一新，教學設施配置已達到初中Ⅱ類學校配置標準。所有教室都已經安裝了“班班通”多媒體，師生可以充分利用現代化教學手段進行教與學；安裝了教師電子辦公室1間，物理、化學實驗室配備齊全。圖書室、閱覽室基本達到辦學要求。學生的住宿條件得到了徹底的改變，所有內宿生都住進了寬敞明亮的公寓樓，學生用水用電非常方便。近年來，學校狠抓教育教學管理，教育教學質量穩步提高。學校先后榮獲“南寧市先進集體”、“南寧市青少年科技活動先進單位”、“邕寧區中考成績綜合評估二等獎”、“邕寧區中小學教學常規管理一等獎”等多項榮譽,2012年中考綜合評估獲邕寧區中考綜合評估三等獎，在社會上享有良好的聲譽。
整個校園處處洋溢著和諧的氣息，散發著花香、書香、墨香；達到了凈化、綠化、美化、文化的境界，是一個和諧、綠色、催人奮進的校園，是莘莘學子讀書求學的理想之地。
清朝時期
那樓中學本數據來源于百度地圖，終結果以百度地圖數據為準。清光緒十四年（1888年），那樓鄉紳麻厚光等捐建三凝書院（那樓中學前身）。為三寧地區**所學校。
清光緒三十一年（1905年），中國廢科舉，興學堂，舉人李獻廷、附貢陸文鼎、監生黃爵侯、庠生杜魁等人便在三凝書院處改設了兩等小學堂。次年（1906），土匪賴春元劫殺學員黃玉枝等5人，這座學院一度被廢棄。1911年之后才又重新修建并開放。
民國時期
三凝書院繼續隨著舊中國社會的動蕩經歷磨難，其間，學院的名字就被變更了多次——先后被命名為“靈山縣第八區立**高級小學”“靈山縣第八區各鄉聯立中心校”等。
中華人民共和國時期
1950年，新成立的當地人民政府將書院更名為“靈西中學”。
1950年秋，那樓中學創辦于三凝書院舊址。
1951年2月含那樓在內的三寧地區劃入廣西邕寧縣，校名改為邕寧縣第二初級中學。
1969年9月開始招收高中生，成為完全中學，又改名為“邕寧縣那樓中學”，為縣辦中學。
2005年3月，邕寧縣撤縣分區后，更名為“邕寧區那樓中學”。
2005年撤銷鎮龍鄉后，為了適應教育形勢發展的需要，合理調整學校布局，優化教育資源，城區政府作出了撤銷鎮龍中學的決定。原鎮龍中學的27名教職工，200多名學生全部由那樓中學接收，其不動產則劃歸鎮龍小學。
2008年秋，撤銷高中部，改為初級中學。
2014年7月，那樓鎮**初級中學停止招生，那樓鎮戶籍所有小學畢業生成為學校生源，是年初一設18個教學班。
1969年9月，那樓中學開始招收高中新生。是年，高中開設2個班，學生100多人。學生生源來自于那樓、劉圩、中和、新江、百濟5個鄉的初中畢業生。
高中部一直均設6個班，學生250~320人不等。
2008年，高中部撤銷，改為初級中學。
那樓中學占地81畝，有東門、西門兩個大門，直通鎮區主干道政通路和中環路。2013年，全校有教學樓4棟（含2013年新建1棟），綜合樓1棟，學生宿舍樓5棟（含2013新建1棟），飯堂2棟（含2013新建1棟），教師宿舍樓4棟，體育館1棟；電腦室2個，物理實驗室2個，化學實驗室2個，生物實驗室1個，大型多媒體教室2個，33個教學班教室全部設備多媒體。體育設施方面，全校有田徑足球場1個（200米跑道），籃球場3個，50米跑道1條，排球場3個，乒乓球場地1處，體育館一個。
2007年，重點高中（南寧市第二中學、南寧市第三中學）上線人數27人，示范性高中（B+等級以上）上線突破100人。居南寧市六城區鄉鎮中學之首。
2008年，A+等級2人，A25人，A等級以上27人，重點高中上線人數27人。
2009年，中考成績不詳。
2010年，中考成績不詳。
2011年，A+等級4人，其中全A+1人，A19人，A等級以上共23人，示范性高中（B+等級以上）上線65人。
2012年，A+等級4人，A18人，A等級以上共22人，示范性高中（B+等級以上）上線62人。
2013年，A+等級0人，A19人，A等級以上共19人。
2014年，全校考生496人，A+等級6人，A+上線率1.21%，其中全A+1人，是邕寧區唯一全A+；A25人，A等級以上共31人，上線率6.25%；B+等級68人，示范性高中上線人數99人，上線率19.96%，創歷史新高。
