南通農業職業技術學院的前身是國立高級農業職業學校，創建于1945年。在近70年的辦學歷程中，學校歷經7次搬遷，先后在重慶、南通、上海、如皋等地辦學。經歷過國立高級農業職業學校、南通農業專科學校、江蘇省南通農業學校等時期。2003年7月經江蘇省人民政府批準升格為南通農業職業技術學院。在省、市黨委、政府和有關部門的關心支持下，學院堅持“立足三農、服務社會”的辦學宗旨，艱苦創業，負重奮進，開拓創新，取得了卓越的辦學成就。先后培養了各類人才4萬余名，他們中有以昆蟲學家、中科院院士印象初，著名水稻、中國作物栽培委員會主任、原江蘇省副省長凌啟鴻，原北京大學副校長周爾鎏，美國EXETER生命科學公司高級科學家和植物育種部主任呂忠進為代表的社會精英，更多的成為生產技術、經營管理骨干和自主創業的典型，為國家農業振興和經濟社會發展，特別是為地方經濟發展作出了重要貢獻。

目前，學院占地面積658畝，建筑面積20.2萬m2，資產總值3.7億元。設有生物工程系、園林園藝系、環境與資源系、機電工程系、經濟貿易與管理系、人文科學系、信息工程系、基礎教學部、繼續教育學院等教學機構，開設專業（方向）59個，各類注冊在籍生10000余人，教職工400余人。現有教學儀器設備總值3700多萬元，有實驗實訓室69種93個。建有國家級教育實訓基地2個、國家職業教育重點建設專業2個、省示范院校重點建設專業3個、省重點專業群3個、省級特色專業3個、省級實訓基地2個、省級精品課程6個、省農村污染防治工程技術開發中心1個、市級重點實驗室2個、市級科技平臺”4個。圖書館藏書55.8萬冊。專任教師中，教授14人、副教授80多人，博士、碩士學歷（學位）106人，省“333工程”培養對象4人，省“六大人才高峰”資助對象2人，省“青藍工程”學術帶頭人和骨干教師8人，南通市“226高層次人才培養工程”中青年科學技術帶頭人14人，南通市政府技術顧問2人。

學院自1987年開始被連續命名為“南通市文明單位”，1997年開始連續多年被命名為“江蘇省文明單位”；并先后獲“江蘇省文明校園”、“江蘇省創先爭優·科學發展爭先進基層黨組織”、“江蘇省職業教育先進集體”、“江蘇省平安校園”、“江蘇省安全文明校園”等稱號；2003年被農業部確定為首批“農業職業教育能力建設計劃”試點院校；2007年在教育部高職高專人才培養水平評估中被評為學校。2011年獲得“江蘇省委教育工委高職高專基層黨組織建設考核單位”，并被省教育廳、財政廳確立為江蘇省示范性高等職業院校建設單位。