南通市實驗中學前身為私立崇敬中學，創建人顧儆基（字仲敬）先生本著“以學為人”的宗旨，1917年斥私資創建中英學塾，后幾易編制，四遷校址，兩建校舍，1928年正式定名為“私立崇敬中學”。1952年，學校改為公辦，高中部并入南通中學，遂更名為“南通市第三初級中學”，并為南通市重點初中，顧仲敬老先生繼任校長，1960年，學校被確定為省66所教改試點學校之一。1972年，學校再次更名為“南通市第十三中學”。1989年，隨著教改形勢發展的需要，學校定名為“南通市實驗中學”。
南通市實驗中學位于南通市濠濱別業37號附近，南通市實驗中學提倡“對學生負責、對家長負責和對社會負責”的辦學理念，樹立“勤奮、求實、文明、創新”的校風。九十年來，學校秉承“誠恒”、“惟真”的校訓，貫徹黨的教育方針，堅持“以人為本，注重學生個性發展”的教育理念，促進學生全面發展。學校創辦至今，培養人才數萬，其中不乏各界名流、國家棟梁。著名電影人趙丹、顧而已、錢千里等從這里的“小小劇社”走向藝術殿堂；中共南通市委**任書記、原中科院原子能研究所黨委書記趙朗，中科院學部委員、上海生化研究所所長王德寶，原中國科技大學校長管惟炎，第三軍醫大學教授管惟賓，美籍華人天文學家范云章，中國**電視臺節目主持人仲陽……都在這里打下了堅實的文化基礎。
學校高舉“科研興校”大旗，堅持教改實驗，先后承擔了“五四學制教改試驗”、“課堂教學整體優化”以及省十五規劃課題“小班化教育實驗研究”與市十五重點課題“自主教育實踐研究”，都已順利結題，成果顯著。現“自主優效課堂”學生學習方式的導引研究”又成功申報“省‘十一五’”規劃課題新課題。
昨日千樹桃李迎朝陽，今朝滿園群芳爭艷春。近十年來，師生中有千人次以上或在各類報刊雜志發表文章，或在各級各類競賽中“金榜題名”，或在全國、省、市文化活動中獲獎；有百余人次獲全國各級各類表彰、榮譽稱號；有四十余名師生參加“國慶五十周年首都各界聯歡焰火晚會”大型歌舞《海岸花鼓》表演，并獲“五好表演隊”稱號；中考各項指標歷年來均居市區前茅。學校先后獲得“市文明單位”、“市德育先進學校”、“市十佳校園”、“市模范學校”、“江蘇省藝術教育先進集體”、“江蘇省實施教育現代化工程示范初中”等稱號。
