農信銀資金清算中心是中國人民銀行批準成立的全國性專業特許清算機構，是全國支付清算體系的重要金融基礎設施之一，也是全國農村中小金融機構參與金融市場的“平臺和門戶”。
2005年11月，全國30家省級農村信用聯社、農商銀行和深圳農村商業銀行共同出資，籌建農信銀資金清算中心。2006年5月，農信銀資金清算中心正式開業。2015年，在監管部門關心指導下，引入中國人民銀行清算總中心和北京票據清算中心等業內專業清算機構成為新股東，農信銀資金清算中心注冊資本由創立時1億元增加至6億元，全面開啟農信銀資金清算中心新的發展篇章。
農信銀資金清算中心搭建和運營全國農村中小金融機構間支付清算平臺、金融科技服務系統，為其提供“一站式”金融支付服務。截至2017年7月末，農信銀支付清算系統的成員機構包括31家省級農信機構、951家村鎮銀行、17家支付機構，系統內賦予行名行號機構網點43,832家，目前日均支付清算規模超過1000萬筆、200億元，已經成為我國支付清算體系的重要組成部分。
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