農業部南京農業機械化研究所創建于1957年，地處古城南京鐘山風景區南麓，屬國家全額撥款事業單位?，F有在職職工233人，其中研究員21人、高級工程師57人、工程師64人。經過五十多年的建設，現已形成耕作、種植與收獲機械工程、植保機械工程、農產品加工工程、農業資源開發及設施農業工程、特色經濟作物機械化工程和農機化發展研究等8個主要優勢學科及32個學科發展方向，是農業工程科研領域國家級研究所。
我所建成了國家級博士后科研工作站、農業部農業機械重點開放實驗室、中國農業科學院農業工程技術中心、中國農科院農業機械重點實驗室、江蘇省農作物收獲裝備工程技術中心、中國農業科學院南京農業機械野外科學觀測試驗站、南京市農業機械工程技術研究中心等科研平臺，依托我所建設的農業部現代農業裝備綜合性重點實驗室已獲批建設。加入了生物燃氣、麻產業等科技創新戰略聯盟，擁有國家現代農業產業技術體系油菜、花生2個機械功能研究室和7名崗位。
除科研平臺外，我所還設有國家植保機械質量監督檢驗中心、全所農機化教育培訓中心、農業部植保與清洗機械質量監督檢驗測試中心、機械工業耕作機械產品質量檢測中心、農業部南方種子加工工程技術中心、農業部南京設計院等單位。主辦中文核心《中國農機化》和《農業開發與裝備》雜志，編輯出版我國大型工具書《中國農業機械化年鑒》。
我所中長期發展目標：以科學研究為根本，以產業開發為動力，以社會服務為依托，以管理創新為抓手，堅持科學研究、產業開發和服務社會三位一體，優化結構，拓寬領域，立足江蘇，面向全國，經過努力，逐步把南京農業機械化研究所建成國家農業工程技術創新中心、國際農業工程技術合作與交流中心、南方農業工程技術產業孵化中心和國家農業工程技術人才培訓中心。
